1 安裝Pymol使用Python編寫的喧枷,所以在安裝該軟件之前弯院,要把python先安裝好。 注意茂卦,安裝過程中最好不要修改路徑根蟹,直接默認(rèn)安裝就好衬鱼。...
前面已經(jīng)講完受體宙橱、配體以及對接位置的確定,下面開始正式對接的部分 1 對接文件的準(zhǔn)備柬祠,在對接文件中寫好受體北戏、配體名稱,對接中心點(diǎn)坐標(biāo)漫蛔,及距離等信...
前面幾個內(nèi)容是指蛋白和小分子的處理過程嗜愈,接下來一個非常重要的步驟是如何確定對接的位點(diǎn),這也是整個分子對接過程中的重點(diǎn)莽龟。如果你能夠找到原結(jié)晶的配體...
前面的一節(jié)中蠕嫁,已經(jīng)介紹完Vina分子對接中大分子的預(yù)處理過程;這一節(jié)中主要介紹小分子的對接前的預(yù)處理的步驟毯盈。所用到的預(yù)處理軟件仍然是Autodo...
上面幾節(jié)剃毒,已經(jīng)講完分子對接得準(zhǔn)備階段及軟件安裝的過程,后面面對第一個問題就是蛋白大分子得預(yù)處理搂赋,下面簡單得介紹下主要的步驟赘阀。 1 在執(zhí)行vina...
上一節(jié)介紹到分子對接的主要的軟件安裝方法,其中vina程序是應(yīng)用命令提示符打開的脑奠,但是有些電腦卻不能正確打開基公,很可能是環(huán)境變量的設(shè)置問題。以下介...
前兩節(jié)已經(jīng)對分子對接過程中宋欺,蛋白和小分子的基本的準(zhǔn)備工作進(jìn)行了介紹轰豆。相信大家應(yīng)該很容易掌握到其中的操作內(nèi)容,一旦受體和配體分子準(zhǔn)備完畢之后齿诞,下一...
上節(jié)講到如何從PDB網(wǎng)站下載需要的蛋白酸休,對其和原位配體進(jìn)行準(zhǔn)備之后;下一步就是準(zhǔn)備你所需要和蛋白對接的小分子化合物祷杈,該步驟方式有很多斑司,這里介紹一...
1 PDB網(wǎng)站(https://www.rcsb.org/)下載需要蛋白結(jié)構(gòu); 2 以PDB ID 2QMJ 人體葡萄糖淀粉酶為例吠式,查看蛋白名稱...