IP屬地：河南
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lesson6 富集分析1.AUCell package 假設(shè)存在一通路A有20個相關(guān)基因气嫁，要評價通路的表達情況，可以用AUCell對這20個相關(guān)基因進行打分祷蝌，得分高代...
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lesson5 畫调衰！丑！圖！1.小提琴圖標注p值 （接lesson4） 仍以基因Rbp1的表達為例 2.比例圖標注p值 畫比例圖 加載數(shù)據(jù)與r package 為畫圖挑選顏...
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lesson4 展示marker在每個cluster注釋好細胞類型后，需要找出每個細胞種類的marker基因并進行可視化 讀取數(shù)據(jù)卑雁、創(chuàng)建seurat對象并進行錨點整合 降維聚類...
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腦子不好使的小問題SCTransform SCTransform一個函數(shù)包括NormalizeData，ScaleData,FindVariable三個函數(shù)的功能...
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lesson3 對聚類細胞cluster進行注釋的方法在完成對樣本的整合绪囱、聚類與可視化后序厉，樣本細胞形成了許多cluster，需要得出這些cluster代表的細胞種類并將其注釋到圖上毕箍。 注釋方法分為手...
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lesson2 多個樣本的scRNA測序整合分析pipeline
當多個樣本一同進行分析時，需要將多個樣本進行整合道盏，目的是讓不同樣本的細胞均勻地分布到各個cluster中而柑。整合方法主要有錨點法和harmony法...
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lesson1 單一樣本的scRNA測序pipeline
第一步 數(shù)據(jù)獲取與前期準備 從NCBI上下載GEO數(shù)據(jù)后解壓，在Rstudio中加載需要的package 第二步 讀取數(shù)據(jù)并進行質(zhì)控 讀取數(shù)據(jù) ...