1.AUCell package 假設(shè)存在一通路A有20個(gè)相關(guān)基因霹购，要評(píng)價(jià)通路的表達(dá)情況偷线，可以用AUCell對(duì)這20個(gè)相關(guān)基因進(jìn)行打分飘弧，得分高代表通路表達(dá)較高久信。 ①加載pac...
IP屬地：西藏
-
lesson6 富集分析 -
lesson5 畫！丑链韭！圖陪白！1.小提琴圖標(biāo)注p值 （接lesson4） 仍以基因Rbp1的表達(dá)為例 2.比例圖標(biāo)注p值 畫比例圖 加載數(shù)據(jù)與r package 為畫圖挑選顏色 提取細(xì)胞的樣品來源、clu...
-
lesson4 展示marker在每個(gè)cluster注釋好細(xì)胞類型后硬纤，需要找出每個(gè)細(xì)胞種類的marker基因并進(jìn)行可視化 讀取數(shù)據(jù)解滓、創(chuàng)建seurat對(duì)象并進(jìn)行錨點(diǎn)整合 降維聚類 進(jìn)行SingleR注釋 該圖...
-
-
lesson3 對(duì)聚類細(xì)胞cluster進(jìn)行注釋的方法在完成對(duì)樣本的整合溪王、聚類與可視化后腮鞍，樣本細(xì)胞形成了許多cluster，需要得出這些cluster代表的細(xì)胞種類并將其注釋到圖上莹菱。 注釋方法分為手動(dòng)注釋與軟件注釋兩大類 手動(dòng)注...
-
lesson2 多個(gè)樣本的scRNA測(cè)序整合分析pipeline
當(dāng)多個(gè)樣本一同進(jìn)行分析時(shí)移国，需要將多個(gè)樣本進(jìn)行整合，目的是讓不同樣本的細(xì)胞均勻地分布到各個(gè)cluster中道伟。整合方法主要有錨點(diǎn)法和harmony法迹缀。 錨點(diǎn)法 錨點(diǎn)法整合速度很慢...
-
lesson1 單一樣本的scRNA測(cè)序pipeline
第一步 數(shù)據(jù)獲取與前期準(zhǔn)備 從NCBI上下載GEO數(shù)據(jù)后解壓，在Rstudio中加載需要的package 第二步 讀取數(shù)據(jù)并進(jìn)行質(zhì)控 讀取數(shù)據(jù) 進(jìn)行質(zhì)控 過濾線粒體DNA含量...