韓小早兒

接到一個非標準格式保存的fasta序列格式的文本，看起來像是直接從NCBI copy下來的但绕。內含多條序列却特，后續(xù)需要對序列進行對位排列扶供，而手工改不現(xiàn)實。有不想寫perl腳本裂明，故...

韓小早兒

問題1：使用snippy用于fasta序列的文件SNP calling椿浓。發(fā)現(xiàn)結果中core.full.aln中，有開頭100bp和結尾的100bp被標記為NN >JN5803...

fatlady

00 寫在前面 測序后公司交付數(shù)據(jù)時，一般會提供質控后的clean data和后續(xù)的基礎分析結果扳碍。因為可能需要自己來進行數(shù)據(jù)的預處理提岔，記得一定要拿回raw data，同時弄清...

韓小早兒

處理序列時左腔，有很多時候會調入換行符的坑＿罂选！Ｒ貉Ｕ窳痢！ 在Windows下的Editplus使用\r\n等查看換行符很詭異鞭莽，有的時候會出現(xiàn)\n\r的情況坊秸，所以替換時有的時候替換不完...

韓小早兒

使用python 的pandas模塊時總是報錯 $ pip show pandasWARNING: Package(s) not found: pandas 嘗試使用cond...

韓小早兒

sed 的全稱為 “Stream Editor” ，字符流編輯程序 1. sed -i '$s/$/\n/' homo1.fa $ 第一個$代表文本的最后一行澎怒；若第幾行可明確...

韓小早兒

sort在文本排序方面很是強悍褒搔。但有時不是單列進行排序，需要按照不同的列進行排序喷面。 1. sort -t $'\t' -k2nr file.csv 表示以Tab鍵分割的文件星瘾，...

韓小早兒

1. Shell 腳本中取兩個數(shù)的百分比 2. perl 腳本中取兩個數(shù)的百分比

胡童遠

用了類似構造泛基因組表格的方法 1 kraken2bracken分析 kraken2數(shù)據(jù)處理 bracken數(shù)據(jù)處理 sc_kraken_bracken.sh unclass...