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2023-06-27 | 關(guān)于vep如何使用gff或者gtf文件進(jìn)行注釋?zhuān)╬erl模塊安裝遇到的坑）
step1：conda創(chuàng)建vep環(huán)境，安裝vep step2：安裝完vep烫罩，可以使用其他功能惜傲，但是在用gff文件作為注釋源的時(shí)候，發(fā)現(xiàn)少了perl模塊Bio::DB::HTS...
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Variant Effect Predictor： Ensembl VEP的安裝浊伙、配置和使用
軟件說(shuō)明 Ensembl VEP是一款突變注釋文件，但是相關(guān)的配置比較困難长捧。這次我們使用conda進(jìn)行安裝嚣鄙，可以跳過(guò)繁瑣的環(huán)境配置過(guò)程。http://asia.ensembl...
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sORF的鑒定、綜述肌割、數(shù)據(jù)庫(kù)
sORF的鑒定 華科劉世勇開(kāi)發(fā)的CPPred-sORF[http://www.rnabinding.com/CPPred-sORF/]卧蜓，可用于鑒定植物的LncRNA和sORF...
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人類(lèi)心臟的蛋白翻譯組學(xué)藍(lán)圖在人類(lèi)組織中的翻譯圖譜顯示，長(zhǎng)鏈非編碼RNA和環(huán)狀RNA上預(yù)測(cè)的致病性變異的下游經(jīng)常被翻譯把敞，本研究描述了數(shù)百個(gè)微蛋白的翻譯情況弥奸。 Highlights Ribosome pr...
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Ribo-seq分析必看文獻(xiàn) | 知識(shí)（一）：15年玉米Ribosome profiling reveals dynamic translational landscape in maize seedlings under dro...
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TE 注釋工具EDTA的安裝及使用EDTA（Extensive de novo TE Annotator）是一個(gè)可以從頭注釋全基因組中的TE并且評(píng)估已有TE庫(kù)注釋優(yōu)劣的工具包规个。該工具的主要步驟是過(guò)濾掉原始TE...
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Perl 命令行實(shí)戰(zhàn)1 - fasta文件的相關(guān)操作
Perl 命令行實(shí)戰(zhàn)1 - fasta文件的相關(guān)操作 注：本文會(huì)不斷更新...... 之前的5篇簡(jiǎn)書(shū)小文已經(jīng)說(shuō)明了常用的參數(shù)的使用方法，學(xué)習(xí)了當(dāng)然要致用啊绰姻！這里我們就來(lái)操作一...
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傻瓜式 (一) 如何提取指定位置的基因組序列
傻瓜式 (一) 如何提取指定位置的基因組序列 為了一件小事也不得不寫(xiě)程序時(shí)榨馁，你是否會(huì)覺(jué)得心里很煩？本欄目旨在分享生物信息分析中的一些小技巧帜矾，純傻瓜式操作翼虫，助你事半功倍，心情倍...
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2021-11-19 翻譯組學(xué)技術(shù)對(duì)比
Ribo-seq 雖然核糖體圖譜技術(shù)具有諸多優(yōu)點(diǎn)措译，但該技術(shù) 操作相對(duì)比較復(fù)雜别凤， 對(duì)樣本的需求量大， 測(cè)序偏好性強(qiáng)领虹， 成本較高规哪， 而且影響 RPF 的因素眾多， 如RNase ...
