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2023-06-27 | 關于vep如何使用gff或者gtf文件進行注釋（perl模塊安裝遇到的坑）
step1：conda創(chuàng)建vep環(huán)境，安裝vep step2：安裝完vep漆魔，可以使用其他功能坷檩，但是在用gff文件作為注釋源的時候，發(fā)現少了perl模塊Bio::DB::HTS...
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Variant Effect Predictor： Ensembl VEP的安裝句灌、配置和使用
軟件說明 Ensembl VEP是一款突變注釋文件，但是相關的配置比較困難欠拾。這次我們使用conda進行安裝胰锌，可以跳過繁瑣的環(huán)境配置過程。http://asia.ensembl...
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sORF的鑒定、綜述枷邪、數據庫
sORF的鑒定 華科劉世勇開發(fā)的CPPred-sORF[http://www.rnabinding.com/CPPred-sORF/]榛搔，可用于鑒定植物的LncRNA和sORF...
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人類心臟的蛋白翻譯組學藍圖在人類組織中的翻譯圖譜顯示诺凡，長鏈非編碼RNA和環(huán)狀RNA上預測的致病性變異的下游經常被翻譯，本研究描述了數百個微蛋白的翻譯情況践惑。 Highlights Ribosome pr...
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Ribo-seq分析必看文獻 | 知識（一）：15年玉米Ribosome profiling reveals dynamic translational landscape in maize seedlings under dro...
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TE 注釋工具EDTA的安裝及使用EDTA（Extensive de novo TE Annotator）是一個可以從頭注釋全基因組中的TE并且評估已有TE庫注釋優(yōu)劣的工具包钉稍。該工具的主要步驟是過濾掉原始TE...
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Perl 命令行實戰(zhàn)1 - fasta文件的相關操作
Perl 命令行實戰(zhàn)1 - fasta文件的相關操作 注：本文會不斷更新...... 之前的5篇簡書小文已經說明了常用的參數的使用方法涤躲，學習了當然要致用啊贡未！這里我們就來操作一...
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傻瓜式 (一) 如何提取指定位置的基因組序列
傻瓜式 (一) 如何提取指定位置的基因組序列 為了一件小事也不得不寫程序時嫩挤，你是否會覺得心里很煩？本欄目旨在分享生物信息分析中的一些小技巧消恍，純傻瓜式操作岂昭，助你事半功倍，心情倍...
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2021-11-19 翻譯組學技術對比
Ribo-seq 雖然核糖體圖譜技術具有諸多優(yōu)點茵汰，但該技術 操作相對比較復雜， 對樣本的需求量大孽鸡， 測序偏好性強蹂午， 成本較高， 而且影響 RPF 的因素眾多彬碱， 如RNase ...
