最近在基迪奧平臺上看到了這張KEGG富集信息圖雄坪，剛好手頭有批現(xiàn)成的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)，剛好繪制一下給富集圖換換風格~~image.png 準備輸入文件 增添表中信息 整理好的表格如下...
IP屬地：黑龍江
-
分級KEGG富集pathway圖繪制 -
STRING數(shù)據(jù)庫的蛋白質(zhì)相互作用（PPI）網(wǎng)絡(luò)分析在轉(zhuǎn)錄調(diào)控相關(guān)的文獻中，我們經(jīng)常能夠看到這樣的蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)（protein protein interaction network北戏，PPI network）。具體而言胖腾，...
-
48個實用的生信在線工具
在線工具一般具有“功能強大擂红、操作簡單、無需安裝祝谚、用完就走”的特點宪迟，輕松實現(xiàn)“用別人的服務(wù)器分析自己的數(shù)據(jù)”。 基因結(jié)構(gòu)繪制 1.Exon-Intron Graphic Mak...
-
Cytoscape插件7：MCODE
MCODE,Molecular COmplex Detection發(fā)現(xiàn)PPI網(wǎng)絡(luò)中緊密聯(lián)系的regeions交惯，這些區(qū)域可能代表分子復(fù)合體次泽。根據(jù)給定的參數(shù)，分離dense re...
-
使用Cytoscape構(gòu)建三層網(wǎng)絡(luò)席爽，并進行模塊挖掘使用Cytoscape構(gòu)建三層網(wǎng)絡(luò)意荤，并進行模塊挖掘 我這部分要做的是”藥物-不良反應(yīng)-靶點”三層網(wǎng)絡(luò) 雖然在做網(wǎng)絡(luò)這方面我也不是很熟練，但是把過程和大家分享一下只锻，可以交流玖像，歡...
-
cytoscape操作指南首先，在https://cytoscape.org/網(wǎng)站下載cytoscape軟件并安裝好齐饮，注意本軟件需要安裝java 其次捐寥，獲取基因間相互關(guān)系的數(shù)據(jù)，以本文為例祖驱，通過WGC...
-
GEO數(shù)據(jù)庫學習總結(jié)（三）ID轉(zhuǎn)換通過前面的數(shù)據(jù)下載握恳，我們一般都可以得到如下矩陣，為了后續(xù)分析及文章需要捺僻，我們則需要吧探針名轉(zhuǎn)化為gene_symbol ID轉(zhuǎn)化主要分為二步 Ⅰ乡洼、得到探針一一對應(yīng)的基因名Ⅱ、...
-
GEO數(shù)據(jù)挖掘（一）：GEOquery包的快速安裝GEOquery是從網(wǎng)絡(luò)下載GEO數(shù)據(jù)并導入R的一個包匕坯。官方推薦的安裝方法： 網(wǎng)速太差就珠，多次嘗試都中斷了，最后以失敗告終醒颖。于是官網(wǎng)下載源碼，RStudio安裝壳炎，出奇快泞歉，30s...
-
西北農(nóng)林科技大學食品研究生
