最近在基迪奧平臺上看到了這張KEGG富集信息圖翼闹，剛好手頭有批現(xiàn)成的轉錄組數(shù)據(jù)，剛好繪制一下給富集圖換換風格~~image.png 準備輸入文件 增添表中信息 整理好的表格如下...
IP屬地：黑龍江
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分級KEGG富集pathway圖繪制 -
STRING數(shù)據(jù)庫的蛋白質相互作用（PPI）網(wǎng)絡分析在轉錄調控相關的文獻中氨淌，我們經(jīng)常能夠看到這樣的蛋白質相互作用網(wǎng)絡（protein protein interaction network，PPI network）狡逢。具體而言宁舰，...
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48個實用的生信在線工具
在線工具一般具有“功能強大、操作簡單奢浑、無需安裝、用完就走”的特點腋腮，輕松實現(xiàn)“用別人的服務器分析自己的數(shù)據(jù)”雀彼。 基因結構繪制 1.Exon-Intron Graphic Mak...
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Cytoscape插件7：MCODE
MCODE,Molecular COmplex Detection發(fā)現(xiàn)PPI網(wǎng)絡中緊密聯(lián)系的regeions，這些區(qū)域可能代表分子復合體即寡。根據(jù)給定的參數(shù)徊哑，分離dense re...
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使用Cytoscape構建三層網(wǎng)絡，并進行模塊挖掘使用Cytoscape構建三層網(wǎng)絡聪富，并進行模塊挖掘 我這部分要做的是”藥物-不良反應-靶點”三層網(wǎng)絡 雖然在做網(wǎng)絡這方面我也不是很熟練莺丑，但是把過程和大家分享一下，可以交流，歡...
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cytoscape操作指南首先梢莽，在https://cytoscape.org/網(wǎng)站下載cytoscape軟件并安裝好萧豆，注意本軟件需要安裝java 其次，獲取基因間相互關系的數(shù)據(jù)昏名，以本文為例涮雷，通過WGC...
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GEO數(shù)據(jù)庫學習總結（三）ID轉換通過前面的數(shù)據(jù)下載，我們一般都可以得到如下矩陣轻局，為了后續(xù)分析及文章需要洪鸭，我們則需要吧探針名轉化為gene_symbol ID轉化主要分為二步 Ⅰ、得到探針一一對應的基因名Ⅱ仑扑、...
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GEO數(shù)據(jù)挖掘（一）：GEOquery包的快速安裝GEOquery是從網(wǎng)絡下載GEO數(shù)據(jù)并導入R的一個包览爵。官方推薦的安裝方法： 網(wǎng)速太差，多次嘗試都中斷了镇饮，最后以失敗告終拾枣。于是官網(wǎng)下載源碼，RStudio安裝盒让，出奇快梅肤，30s...
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西北農(nóng)林科技大學食品研究生
