問題描述 在使用boxplot描述數(shù)據(jù)時(shí)帐我，離群值的存在會(huì)干擾boxplot可視化的結(jié)果帽撑。 解決方法 在網(wǎng)上找到的解決方法為設(shè)置geom_boxplot(outlier.sha...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：廣東
-
R | 隱藏ggplot2 boxplot的離群值 -
每周文獻(xiàn) 2022-03-07大家好尘颓，本周給大家分享的是最近發(fā)表在PNAS上與代謝組學(xué)選擇增強(qiáng)水果風(fēng)味相關(guān)的一篇文章仔拟。 文章題目：Metabolomic selection for enhanced fr...
-
每周文獻(xiàn) 2022-03-20大家好匹摇，本周給大家分享的是最近發(fā)表在NG上與稀有變異對(duì)復(fù)雜性狀遺傳力的貢獻(xiàn)相關(guān)的一篇文章槐脏。 文章題目：Assessing the contribution of rare v...
-
2021-10-23基因組學(xué)與植物育種實(shí)際上喘垂，最近幾年我已經(jīng)參與了若干物種的基因組學(xué)項(xiàng)目废离。我一直在思考：除了提供一批數(shù)據(jù)之外侄泽，我們的研究還能對(duì)實(shí)際生產(chǎn)產(chǎn)生怎樣的推動(dòng)作用？基因組組裝和基因注釋在整個(gè)育種研究中處于什...
-
您好蜻韭，我在構(gòu)建的時(shí)候報(bào)錯(cuò)：
Error in .TwoBits_export(mapply(.DNAString_to_twoBit, object, seqnames), :
UCSC library operation failed
In addition: Warning message:
In .TwoBits_export(mapply(.DNAString_to_twoBit, object, seqnames), :
mustOpen: Can't open ./BSgenome.Athaliana.TAIR.TAIR10/inst/extdata/single_sequences.2bit to write: No such file or directory
請(qǐng)問您是否遇到過這種問題悼尾？是否知道怎么解決？謝謝BSgenome 構(gòu)建自己的參考基因組
1. 目的 ??最近在某個(gè)分析的時(shí)候肖方，需要BSgenome object诀豁，然而我的物種不是常見的物種，是自己組裝出來的多倍體物種窥妇，因此沒法用已有的BSgenome參考基因組舷胜，...
-
您好，我在構(gòu)建的時(shí)候報(bào)錯(cuò)：
Error in .TwoBits_export(mapply(.DNAString_to_twoBit, object, seqnames), :
UCSC library operation failed
In addition: Warning message:
In .TwoBits_export(mapply(.DNAString_to_twoBit, object, seqnames), :
mustOpen: Can't open ./BSgenome.Athaliana.TAIR.TAIR10/inst/extdata/single_sequences.2bit to write: No such file or directory
請(qǐng)問您知道怎么解決嗎？找了好多方法都不行??BSgenome構(gòu)建新的參考基因組
目標(biāo) BSgeome自己有很多構(gòu)建好的基因組烹骨，但是對(duì)于非模物種來說翻伺，有時(shí)候我們需要自己構(gòu)建基因組的信息。如何根據(jù)物種的參考基因組fa文件沮焕，構(gòu)建新的BSgeome的R包吨岭，供后續(xù)...
-
請(qǐng)問，gce能夠做三代數(shù)據(jù)的genome survey嗎
生信 | 基因組組裝實(shí)戰(zhàn)（三）：Kmer評(píng)估基因組
寫在前面 以下內(nèi)容均來自我在菲沙基因（Frasergen[http://www.frasergen.com/]）暑期生信培訓(xùn)班上記錄的課堂筆記 1.Kmer定義 雜合Kmer...
-
您好峦树，請(qǐng)問您說的canu+wtdbg聯(lián)合組裝的文章在哪里呢辣辫？能借鑒一下嗎，感謝
wtdbg 組裝基因組
關(guān)鍵詞：pacbio; nanopore; assemble wtdbg相較于其他三代四代數(shù)據(jù)組裝軟件（Canu魁巩，smartdenovo急灭，miniasm，F(xiàn)lye谷遂，TULIP...
-
wtdbg 組裝基因組
關(guān)鍵詞：pacbio; nanopore; assemble wtdbg相較于其他三代四代數(shù)據(jù)組裝軟件（Canu葬馋，smartdenovo，miniasm肾扰，F(xiàn)lye畴嘶，TULIP...
-
研究方向：基因組學(xué)窗悯、轉(zhuǎn)錄組學(xué)、遺傳學(xué)<br>邊做邊分享偷拔，超不定期更新
-
群體遺傳學(xué)統(tǒng)計(jì)指標(biāo)——種群核苷酸多樣性理論 種群核苷酸多樣性蟀瞧，顧名思義指的就是核苷酸多樣性，值越大說明核苷酸多樣性越高条摸。通常用于衡量群體內(nèi)的核苷酸多樣性悦污，也可以用來推演進(jìn)化關(guān)系。計(jì)算公式為： 計(jì)算群體的π值钉蒲，可以...
-
您好切端，我想問一下，用hic-pro+homer的方法去鑒定loop也是一樣的流程嗎
或者用homer鑒定loop的流程具體是什么呢
謝謝顷啼！AB區(qū)室計(jì)算【juicer/homer】
Tips： 目前主流的計(jì)算AB區(qū)室工具: juicer/homer/cworld juicer: 第一篇HiC文章實(shí)驗(yàn)室提供的工具,計(jì)算多個(gè)分辨率每個(gè)bin的PC1 值踏枣，但是...
-
全基因組重測(cè)序基礎(chǔ)及高級(jí)分析知識(shí)匯總
轉(zhuǎn)自：http://www.360doc.com/content/18/0208/11/19913717_728563847.shtml 全基因組重測(cè)序是通過對(duì)已有參考序列（...
-
python數(shù)據(jù)分析基礎(chǔ)（1-3）-絕對(duì)值及迭代器
1、求絕對(duì)值 絕對(duì)值和復(fù)數(shù)的模 2钙蒙、元素都為真 迭代器的初步理解:（1）迭代是訪問集合元素的一種方式茵瀑，而迭代器是一個(gè)可以記住遍歷的位置的對(duì)象。（2）迭代器對(duì)象從集合第一個(gè)元素...
-
請(qǐng)問具體怎么自行構(gòu)建基因組注釋呢躬厌，我看了并不是很明白
ChIP-Seq數(shù)據(jù)挖掘系列-5.1: ngs.plot 可視化ChIP-Seq 數(shù)據(jù)
ngs.plot 主要用于可視化基因組功能區(qū)域的高通量測(cè)序結(jié)果马昨。 #1. ngs.plot 優(yōu)點(diǎn) 已整理的注釋數(shù)據(jù)：17個(gè)物種(21套基因組)，涉及功能原件有： Gene，E...
-
您好鸿捧，我想問一下甲基化的數(shù)據(jù)類似的圖應(yīng)該怎么畫啊屹篓，謝謝
ChIP-Seq數(shù)據(jù)挖掘系列-5.2: ngs.plot 畫圖工具ngs.plot.r 和 replot.r 參數(shù)詳解
必需參數(shù) 參數(shù)參數(shù)釋義參數(shù)示例-G基因組名hg18,hg19,mm9,mm10; 詳情參見： SupportedGenomes[https://github.com/she...
-
請(qǐng)問，具體使用什么進(jìn)行注釋的呢匙奴，如果自己構(gòu)建對(duì)象又應(yīng)該怎么做呢堆巧？因?yàn)樽约旱奈锓NUSUC沒有
methylkit差異甲基化分析
文件格式 可以是最基本的甲基化調(diào)用文件也可以是bismark下游的BAM/SAM文件。 在這里使用的是經(jīng)過處理得到的文本文件泼菌。 典型的文件應(yīng)該是這樣的 導(dǎo)入文件 1.樣本描述...
-
抓住一個(gè)熱點(diǎn)谍肤，可以發(fā)無數(shù)篇純生信SCI
現(xiàn)在都是流行追熱點(diǎn)，例如m6A這個(gè)研究熱點(diǎn)哗伯，很多人利用它發(fā)了n篇純生信數(shù)據(jù)挖掘的文章荒揣；再比如鐵死亡這個(gè)研究熱點(diǎn)，有一大堆純數(shù)據(jù)挖掘的文章正在投稿中笋颤；現(xiàn)在我們看看這個(gè)已經(jīng)發(fā)了無...
