公眾號 生信小課堂
IP屬地：浙江
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Python Logging 日志輸出到文件
背景 了解如何使用 python logging, 輸出日志到文件中. 并初步結(jié)合 flask 框架以及多模塊的環(huán)境配置, 尚不太成熟, 待改進(jìn) 至于為什么要用 loggin...
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biostar handbook(四)|生物數(shù)據(jù)及其下載和基本操作2017/11/9 第一版： 生物數(shù)據(jù)庫叉钥，基本數(shù)據(jù)類型（genbank， fasta/fastq）构诚，數(shù)據(jù)上傳站點(diǎn)2017/11/12 第二版：如何利用esearch, ef...
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LiftOver: hg19和hg38 位置轉(zhuǎn)換UCSC 數(shù)據(jù)庫提供了hg19和hg38位置轉(zhuǎn)換工具---LiftOver 網(wǎng)頁版：https://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgLiftOver[ht...
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Python辦公自動化｜批量處理文件
Python辦公自動化｜批量處理文件，一學(xué)就會 轉(zhuǎn)自早起Python 要說在工作中最讓人頭疼的就是用同樣的方式處理一堆文件夾中文件，這并不難拆挥，但就是繁。所以在遇到機(jī)械式的操作...
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使用snpEff對VCF進(jìn)行注釋
使用snpEff分為兩種情況某抓，一種是snpEff已經(jīng)構(gòu)建了相應(yīng)的數(shù)據(jù)集（例如人類和小鼠）纸兔，另一種是則是snpEff未提供相應(yīng)的數(shù)據(jù)集（例如自己組裝的基因組） 情況1: 我們可...
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R四大高效編程神器——apply家族
本節(jié)提要：apply()函數(shù)sapply()函數(shù)lapply()函數(shù)tapply()函數(shù) 熟悉R編程的人都知道R語言的apply家族，而R語言入門容易搪缨，簡單學(xué)一學(xué)就能寫出一些...
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基因突變檢測之Mutect2寫在前面的話 今天是2021年1月3號食拜，年底一番瞎忙活，停更了好長一段時間的簡書副编。人生中有個很重要伯樂導(dǎo)師告訴我负甸，在這個事多的工作環(huán)境下，沒人愿意看你太多的廢話痹届。直奔重點(diǎn)才是...
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gatk4 mutect2 分析somatic突變第一步：創(chuàng)建normal樣品的PoN（Create a sites-only PoN with CreateSomaticPanelOfNormals） To create ...
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GATK4 Mutect2 call Short Variant
GATK4 Mutect2 call Short Variant 先來看一下GATK 官網(wǎng)對Short Variant的定義： Short variants include ...
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從零開始完整學(xué)習(xí)全基因組測序（WGS）數(shù)據(jù)分析：第4節(jié) 構(gòu)建WGS主流程這篇文章很長呻待，超過1萬字，是本系列中最重要的一篇队腐，因?yàn)槲也⒎侵皇窃诤唵蔚馗嬖V大家?guī)讞l硬邦邦的操作命令蚕捉。對于新手而言不建議碎片時間閱讀，對于有一定經(jīng)驗(yàn)的老手來說柴淘，相信依然可以有...
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fastp全新的數(shù)據(jù)質(zhì)控軟件各位做生信的小伙伴都知道为严，對于下機(jī)的FASTQ數(shù)據(jù)需要進(jìn)行質(zhì)控和預(yù)處理敛熬，以保證下游分析輸入的數(shù)據(jù)都是干凈可靠的。通常我們都是使用FASTQC等軟件進(jìn)行質(zhì)控第股，使用cutadap...
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從零開始完整學(xué)習(xí)全基因組測序（WGS）數(shù)據(jù)分析：第2節(jié) FASTA和FASTQ在WGS數(shù)據(jù)的分析過程中应民，我們會接觸到許多生物信息學(xué)/基因組學(xué)領(lǐng)域所特有的數(shù)據(jù)文件和它們特殊的格式，在這一節(jié)中將要介紹的FASTA和FASTQ便是其中之一二夕吻。這是我們存儲核苷...
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從零開始完整學(xué)習(xí)全基因組測序（WGS）數(shù)據(jù)分析：第1節(jié) DNA測序技術(shù)前言 基因測序已是時下熱門诲锹，目前除了華大基因之外，其他分布于全中國的大型測序平臺（HiSeq X 10）還有約10個涉馅，每個每年大概能完成1.8萬人的高深度全基因組測序归园，加起來...
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人丑就要多讀書呀
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轉(zhuǎn)錄組學(xué)習(xí)三（數(shù)據(jù)質(zhì)控）
轉(zhuǎn)錄組學(xué)習(xí)一（軟件安裝） 轉(zhuǎn)錄組學(xué)習(xí)二（數(shù)據(jù)下載） 轉(zhuǎn)錄組學(xué)習(xí)三（數(shù)據(jù)質(zhì)控） 轉(zhuǎn)錄組學(xué)習(xí)四（參考基因組及gtf注釋探究） 轉(zhuǎn)錄組學(xué)習(xí)五（reads的比對與samtoo...
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ubuntu 安裝SRAtoolkit蔓倍、FastQC悬钳、HISAT2、Stringtie偶翅、Trimmomatic
下載最新版SRAtoolkit： https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software 下載安裝Fa...
