公眾號 生信小課堂
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Python Logging 日志輸出到文件
背景 了解如何使用 python logging, 輸出日志到文件中. 并初步結(jié)合 flask 框架以及多模塊的環(huán)境配置, 尚不太成熟, 待改進 至于為什么要用 loggin...
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biostar handbook(四)|生物數(shù)據(jù)及其下載和基本操作2017/11/9 第一版： 生物數(shù)據(jù)庫，基本數(shù)據(jù)類型（genbank， fasta/fastq），數(shù)據(jù)上傳站點2017/11/12 第二版：如何利用esearch, ef...
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LiftOver: hg19和hg38 位置轉(zhuǎn)換UCSC 數(shù)據(jù)庫提供了hg19和hg38位置轉(zhuǎn)換工具---LiftOver 網(wǎng)頁版：https://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgLiftOver[ht...
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Python辦公自動化｜批量處理文件
Python辦公自動化｜批量處理文件，一學就會 轉(zhuǎn)自早起Python 要說在工作中最讓人頭疼的就是用同樣的方式處理一堆文件夾中文件砸西，這并不難，但就是繁址儒。所以在遇到機械式的操作...
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使用snpEff對VCF進行注釋
使用snpEff分為兩種情況芹枷，一種是snpEff已經(jīng)構(gòu)建了相應(yīng)的數(shù)據(jù)集（例如人類和小鼠），另一種是則是snpEff未提供相應(yīng)的數(shù)據(jù)集（例如自己組裝的基因組） 情況1: 我們可...
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R四大高效編程神器——apply家族
本節(jié)提要：apply()函數(shù)sapply()函數(shù)lapply()函數(shù)tapply()函數(shù) 熟悉R編程的人都知道R語言的apply家族莲趣，而R語言入門容易杖狼，簡單學一學就能寫出一些...
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基因突變檢測之Mutect2寫在前面的話 今天是2021年1月3號，年底一番瞎忙活妖爷，停更了好長一段時間的簡書蝶涩。人生中有個很重要伯樂導師告訴我，在這個事多的工作環(huán)境下絮识，沒人愿意看你太多的廢話绿聘。直奔重點才是...
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gatk4 mutect2 分析somatic突變第一步：創(chuàng)建normal樣品的PoN（Create a sites-only PoN with CreateSomaticPanelOfNormals） To create ...
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GATK4 Mutect2 call Short Variant
GATK4 Mutect2 call Short Variant 先來看一下GATK 官網(wǎng)對Short Variant的定義： Short variants include ...
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從零開始完整學習全基因組測序（WGS）數(shù)據(jù)分析：第4節(jié) 構(gòu)建WGS主流程這篇文章很長，超過1萬字次舌，是本系列中最重要的一篇熄攘，因為我并非只是在簡單地告訴大家?guī)讞l硬邦邦的操作命令。對于新手而言不建議碎片時間閱讀彼念，對于有一定經(jīng)驗的老手來說挪圾，相信依然可以有...
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fastp全新的數(shù)據(jù)質(zhì)控軟件各位做生信的小伙伴都知道哲思，對于下機的FASTQ數(shù)據(jù)需要進行質(zhì)控和預處理，以保證下游分析輸入的數(shù)據(jù)都是干凈可靠的吩案。通常我們都是使用FASTQC等軟件進行質(zhì)控棚赔，使用cutadap...
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從零開始完整學習全基因組測序（WGS）數(shù)據(jù)分析：第2節(jié) FASTA和FASTQ在WGS數(shù)據(jù)的分析過程中，我們會接觸到許多生物信息學/基因組學領(lǐng)域所特有的數(shù)據(jù)文件和它們特殊的格式，在這一節(jié)中將要介紹的FASTA和FASTQ便是其中之一二靠益。這是我們存儲核苷...
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從零開始完整學習全基因組測序（WGS）數(shù)據(jù)分析：第1節(jié) DNA測序技術(shù)前言 基因測序已是時下熱門丧肴，目前除了華大基因之外，其他分布于全中國的大型測序平臺（HiSeq X 10）還有約10個胧后，每個每年大概能完成1.8萬人的高深度全基因組測序芋浮，加起來...
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人丑就要多讀書呀
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轉(zhuǎn)錄組學習三（數(shù)據(jù)質(zhì)控）
轉(zhuǎn)錄組學習一（軟件安裝） 轉(zhuǎn)錄組學習二（數(shù)據(jù)下載） 轉(zhuǎn)錄組學習三（數(shù)據(jù)質(zhì)控） 轉(zhuǎn)錄組學習四（參考基因組及gtf注釋探究） 轉(zhuǎn)錄組學習五（reads的比對與samtoo...
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ubuntu 安裝SRAtoolkit途样、FastQC、HISAT2濒憋、Stringtie、Trimmomatic
下載最新版SRAtoolkit： https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software 下載安裝Fa...
