python 將多個(gè)細(xì)胞的表達(dá)量合并成一個(gè)假細(xì)胞的表達(dá)量鉴吹。
IP屬地：浙江
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先DietSeurat之后再重命名吧
如何給Seurat對(duì)象的基因重命名夺英？【基因名轉(zhuǎn)換】2022-07-27
適用背景 在單細(xì)胞分析中誓沸，必要的一步是對(duì)每個(gè)細(xì)胞進(jìn)行注釋?zhuān)@相當(dāng)于給每個(gè)細(xì)胞打個(gè)標(biāo)簽痒留，或者說(shuō)起個(gè)別名跃脊，這些信息都存在@meta.data信息里胞得，所以不用特意去更改細(xì)胞名字涡扼，S...
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可以去Ensembl下載
如何給Seurat對(duì)象的基因重命名稼跳？【基因名轉(zhuǎn)換】2022-07-27
適用背景 在單細(xì)胞分析中，必要的一步是對(duì)每個(gè)細(xì)胞進(jìn)行注釋?zhuān)@相當(dāng)于給每個(gè)細(xì)胞打個(gè)標(biāo)簽吃沪，或者說(shuō)起個(gè)別名汤善，這些信息都存在@meta.data信息里，所以不用特意去更改細(xì)胞名字票彪，S...
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@法拉第心系磁生電 可以在這個(gè)網(wǎng)頁(yè)下載：https://guolab.wchscu.cn/AnimalTFDB4//#/Download
如何給Seurat對(duì)象的基因重命名红淡？【基因名轉(zhuǎn)換】2022-07-27
適用背景 在單細(xì)胞分析中，必要的一步是對(duì)每個(gè)細(xì)胞進(jìn)行注釋?zhuān)@相當(dāng)于給每個(gè)細(xì)胞打個(gè)標(biāo)簽降铸，或者說(shuō)起個(gè)別名在旱，這些信息都存在@meta.data信息里，所以不用特意去更改細(xì)胞名字推掸，S...
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Scanpy 計(jì)算DEG格式轉(zhuǎn)換 2024-09-05
用慣了Seurat計(jì)算DEGs桶蝎，使用Scanpy進(jìn)行計(jì)算得到的格式會(huì)很不適應(yīng)驻仅，可讀性有點(diǎn)差，因此可以使用以下函數(shù)進(jìn)行格式轉(zhuǎn)換俊嗽，并且根據(jù)FC進(jìn)行了排序篩選Top基因雾家。
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記錄shell常用操作 2024-08-19
檢查文件是否存在 同步文件命令 創(chuàng)建數(shù)組和模糊搜索文件 標(biāo)準(zhǔn)打印內(nèi)容到指定文件 也可以直接使用echo 交互輸入?yún)?shù) 根據(jù)文本生成報(bào)告 簡(jiǎn)易for循環(huán) Job_progres...
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@陳長(zhǎng) V5變化太大了，不好改绍豁，還是建議從矩陣開(kāi)始變吧
如何給Seurat對(duì)象的基因重命名？【基因名轉(zhuǎn)換】2022-07-27
適用背景 在單細(xì)胞分析中牙捉，必要的一步是對(duì)每個(gè)細(xì)胞進(jìn)行注釋?zhuān)@相當(dāng)于給每個(gè)細(xì)胞打個(gè)標(biāo)簽竹揍，或者說(shuō)起個(gè)別名，這些信息都存在@meta.data信息里邪铲，所以不用特意去更改細(xì)胞名字芬位，S...
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@自己畫(huà)餅的小Y 寫(xiě)個(gè)循環(huán)的shell腳本吧
結(jié)合Seurat批量去雙胞（DoubletFinder）2022-05-18
使用背景 我們一般拿到單細(xì)胞矩陣需要做的一個(gè)預(yù)處理步驟是去雙胞，而常用的一個(gè)R包是DoubletFinder[https://github.com/chris-mcginni...
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@自己畫(huà)餅的小Y 你可以重新編排一下目錄結(jié)構(gòu)带到，用軟連接
結(jié)合Seurat批量去雙胞（DoubletFinder）2022-05-18
使用背景 我們一般拿到單細(xì)胞矩陣需要做的一個(gè)預(yù)處理步驟是去雙胞昧碉，而常用的一個(gè)R包是DoubletFinder[https://github.com/chris-mcginni...
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@elaine0622 SeuratDisk就可以吧
從Scanpy的Anndata對(duì)象提取信息并轉(zhuǎn)成Seurat對(duì)象（適用于空間組且涉及h5文件讀寫(xiě)）2022-06-14
關(guān)鍵字 Anndata對(duì)象轉(zhuǎn)成Seurat對(duì)象 h5文件讀寫(xiě) 空間組格式轉(zhuǎn)換 已補(bǔ)充快速使用的函數(shù)整理版本[http://www.reibang.com/p/48a6886...
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@kke_wang 可以啊，可以看看官網(wǎng)揽惹，可以投射到umap的
利用Seurat包Transfer數(shù)據(jù)集（FindTransferAnchors和TransferData）2022-6-09
關(guān)鍵詞 FindTransferAnchors函數(shù) TransferData函數(shù) 細(xì)胞類(lèi)型注釋 映射數(shù)據(jù)集/Transfer 數(shù)據(jù)集 適用背景 細(xì)胞注釋的標(biāo)準(zhǔn)一直備受爭(zhēng)議被饿，就...
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@Bolin 啊這，暴露了嗎搪搏？
SCENIC/pySCENIC分析補(bǔ)充+小鼠數(shù)據(jù)示例2022-12-14
適用背景 之前寫(xiě)了兩篇博客（四步完成單細(xì)胞數(shù)據(jù)調(diào)控網(wǎng)絡(luò)流程分析-SCENIC/pySCENIC-2022-09-06[http://www.reibang.com/p/71...
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@一芨芨草 需要的
結(jié)合Seurat批量去雙胞（DoubletFinder）2022-05-18
使用背景 我們一般拿到單細(xì)胞矩陣需要做的一個(gè)預(yù)處理步驟是去雙胞狭握，而常用的一個(gè)R包是DoubletFinder[https://github.com/chris-mcginni...
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@一起鬧 這個(gè)跟我說(shuō)的基因家族差不多，我不清楚他的conservation score是怎么算的疯溺，我知道有個(gè)軟件叫orthoFinder可以計(jì)算不同物種間的基因家族论颅，應(yīng)該跟這個(gè)差不多，最后大概是把基因聚類(lèi)囱嫩，同一個(gè)類(lèi)為一個(gè)基因家族恃疯，也就是你這里的meta-gene
跨物種同源基因轉(zhuǎn)換（biomaRt和homologene）2022-06-17
適用背景 當(dāng)我們進(jìn)行跨物種比較分析時(shí)會(huì)發(fā)現(xiàn)基因名對(duì)不上，或者找不到基因墨闲，這時(shí)候就需要進(jìn)行物種間的同源基因轉(zhuǎn)換今妄。最常用的工具就是Ensembl的biomaRt，另外還查到NCB...
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@一芨芨草 理論上就應(yīng)該放在最前面吧
結(jié)合Seurat批量去雙胞（DoubletFinder）2022-05-18
使用背景 我們一般拿到單細(xì)胞矩陣需要做的一個(gè)預(yù)處理步驟是去雙胞损俭，而常用的一個(gè)R包是DoubletFinder[https://github.com/chris-mcginni...
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@一起鬧 many to many 目前沒(méi)有很好的解決辦法蛙奖，一般用的都是one2one，非要解決的話(huà)可以考慮基因家族聚類(lèi)
跨物種同源基因轉(zhuǎn)換（biomaRt和homologene）2022-06-17
適用背景 當(dāng)我們進(jìn)行跨物種比較分析時(shí)會(huì)發(fā)現(xiàn)基因名對(duì)不上杆兵，或者找不到基因雁仲，這時(shí)候就需要進(jìn)行物種間的同源基因轉(zhuǎn)換。最常用的工具就是Ensembl的biomaRt琐脏，另外還查到NCB...
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@生信小白2609 是不是少?gòu)?fù)制了個(gè)")"攒砖？
四步完成單細(xì)胞數(shù)據(jù)調(diào)控網(wǎng)絡(luò)流程分析-SCENIC/pySCENIC-2022-09-06
適用背景 單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組調(diào)控網(wǎng)絡(luò)分析是單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析內(nèi)容的高級(jí)分析之一缸兔，本文將介紹SCENIC/pySCENIC的流程，具體原理和內(nèi)容不展開(kāi)吹艇，主要展示代碼復(fù)現(xiàn)流程惰蜜。R的SCE...
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@沃日 function{}表示一個(gè)函數(shù)，得用完整語(yǔ)句受神，不然就報(bào)錯(cuò)了抛猖，需要一直運(yùn)行到}才是正常的
使用monocle3進(jìn)行擬時(shí)序分析（從Seurat對(duì)象開(kāi)始）2023-08-31
適用背景 單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析中如果涉及到發(fā)育或具有時(shí)間序列的細(xì)胞譜系，往往需要進(jìn)行擬時(shí)序分析鼻听，而最最最常用的擬時(shí)序分析軟件就是Monocle财著，如今它已經(jīng)出到了第三個(gè)版本mono...
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@青青青山 不是哦，是單個(gè)數(shù)據(jù)集去雙胞之后再合并的
結(jié)合Seurat批量去雙胞（DoubletFinder）2022-05-18
使用背景 我們一般拿到單細(xì)胞矩陣需要做的一個(gè)預(yù)處理步驟是去雙胞撑碴，而常用的一個(gè)R包是DoubletFinder[https://github.com/chris-mcginni...