雖然簡單均牢，但絕對首發(fā)……該給自己的系統(tǒng)發(fā)育構(gòu)建流程升級了寿弱，新版本軟件不僅速度快，而且對用戶友好哆键！ modeltest-ng 的速度是真的飛快苞轿！modeltest-ng 和 r...
發(fā)簡信
IP屬地：山東
-
使用modeltest-ng和raxml-ng構(gòu)建ML系統(tǒng)發(fā)育樹
-
關(guān)于SNP的過濾（1）：如何使用vcftools進(jìn)行SNP過濾
前言 很多關(guān)注我這個(gè)專題的朋友都在后臺留言嗜傅，說想了解更多關(guān)于SNP過濾的東西金句。是的，確實(shí)這是一個(gè)比較重要的問題吕嘀。第一违寞，過濾到一些低質(zhì)量的SNP可以防止calling一些假陽性...
-
群體進(jìn)化-GWAS分析
群體進(jìn)化-gwas分析 群體進(jìn)化基礎(chǔ)分析 PCA 分析原理PCA(Principal Component Analysis)，即主成分分析方法偶房，是一種使用最廣泛的數(shù)據(jù)...
-
mcmctree估算物種分歧時(shí)間基因序列中的密碼子隨著時(shí)間的推移以幾乎恒定的比例進(jìn)行替換趁曼，具有恒定的演化速率，因此兩個(gè)物種時(shí)間的遺傳距離與物種分歧時(shí)間成正比棕洋。 本文就利用mcmctree估算物種分歧時(shí)間做一...
-
LD衰減圖的理解與應(yīng)用
在群體遺傳學(xué)研究中挡闰，LD連鎖不平衡分析是最常見的分析內(nèi)容，也是關(guān)聯(lián)分析的基礎(chǔ)拍冠。如何正確理解并且進(jìn)行相關(guān)的LD連鎖不平衡分析是群體遺傳中很基本的一件事情尿这。下面和大家一起學(xué)習(xí)一下...
-
Tajima's D 中性檢測的指標(biāo)
Tajima's D - Wikipedia[https://en.wikipedia.org/wiki/Tajima%27s_D] Tajima's D是由日本研究員田田文...
-
-
您好 請教一下我再運(yùn)行vcfutils.pl vcf2fq -d 10 -D 50 populations.snps.vcf > tmp.fq這一步的時(shí)候，有以下報(bào)錯(cuò)：Use of uninitialized value $q in numeric lt (<) at /usr/local/bin/vcfutils.pl line 529, <> line 77031.
Use of uninitialized value $q in addition (+) at /usr/local/bin/vcfutils.pl line 539, <> line 77031.###不知道是什么情況典蜕？PSMC 分析
參考路徑： /public/home/yangjie/hudie/Pb_project/04.evolution/06.psmc/02.psmc/test4/bootstra...
-
作者你好，我在其他文章中看到只有重測序數(shù)據(jù)能進(jìn)行種群動(dòng)態(tài)分析轩缤，我做的是ddRAD-seq命迈，可以做這個(gè)么 ？所有的coverage 都能達(dá)到8X 大部分能達(dá)到10X
群體進(jìn)化-GWAS分析
群體進(jìn)化-gwas分析 群體進(jìn)化基礎(chǔ)分析 PCA 分析原理PCA(Principal Component Analysis)火的，即主成分分析方法壶愤，是一種使用最廣泛的數(shù)據(jù)...
-
畢業(yè)于山東大學(xué)征椒，具有6年生物信息分析工作經(jīng)驗(yàn)，一直從事動(dòng)植物及人的重測序方向湃累。擅長群體重測序及GWAS分析勃救；進(jìn)行過NIPT碍讨，CNV，腫瘤ctDNA剪芥，遺傳腫瘤等人類健康方向相關(guān)的分析垄开；使用linux，perl税肪，R溉躲，git等
-
ggtree繪制進(jìn)化樹繪制進(jìn)化樹的方法有很多，入門的MEGA益兄，iTOL锻梳，evolview等，但是沒有一個(gè)如ggtree這般高效簡單净捅，輕輕松松繪制高端進(jìn)化樹疑枯，廢話不多說，直接看代碼喜歡的小伙伴可以關(guān)...
-
-
Learning Perl學(xué)習(xí)筆記（4）第五章 Input and Output
課后練習(xí) 第一題 Write a program that acts like cat, but reverses the order of the output lines...
-
有效讀文獻(xiàn)的十大簡單規(guī)則
讀文獻(xiàn)是每個(gè)科研工作者的必修課具钥。無論你是科研小白，你需要通過讀文獻(xiàn)來入門你所感興趣的領(lǐng)域液兽。又或者你是學(xué)有所成領(lǐng)域內(nèi)的專家骂删，也要通過讀文獻(xiàn)來了解領(lǐng)域內(nèi)的最新發(fā)現(xiàn)來修煉內(nèi)功，擴(kuò)充...
-
Learning Perl學(xué)習(xí)筆記（1）第二章Scalar Data
簡單的記錄了書里的小例子四啰，以及章節(jié)后的練習(xí)題的腳本宁玫。 If Control Structure（IF循環(huán)） 腳本如下： While Control Structure（Whi...
-
細(xì)菌16s rDNA微生物多樣性研究中可變區(qū)的選擇在二代測序技術(shù)中，有一類研究細(xì)菌16s rRNA基因幾個(gè)可變區(qū)的方式幫助了解環(huán)境樣品中微生物組成情況柑晒，進(jìn)而進(jìn)行不同樣品間組成差異分析等欧瘪，在醫(yī)學(xué)領(lǐng)域中用于分析疾病的生物標(biāo)志物領(lǐng)...
