發(fā)簡信
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ATAC-bulk rna的染色質(zhì)可及性分析流程
00.背景 基于常規(guī)轉(zhuǎn)錄組（bulk rna）的數(shù)據(jù)進(jìn)行染色質(zhì)可及性（ATAC）的常規(guī)分析流程。代碼僅供參考。 01.質(zhì)控 和別的組學(xué)一樣，拿到...
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使用read.table讀取數(shù)據(jù)行數(shù)少于read.csv
非程崮瘢坑的地方， 一堆分析做完了，發(fā)現(xiàn)第一步數(shù)據(jù)的行數(shù)對不上仗嗦，檢查后發(fā)現(xiàn)使用read.csv能夠得到準(zhǔn)確的行數(shù)，而使用read.table得到的行...
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Error in hclust(d, method = method)：外接函數(shù)調(diào)用時不能有NA/NaN/Inf(arg10)
記錄一個小bug：使用pheatmap繪制熱圖時甘凭，使用scale參數(shù)總報錯： 只需要刪除原始數(shù)據(jù)中標(biāo)準(zhǔn)差為0的行即可： 原因是scale對每行進(jìn)...
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空轉(zhuǎn)下游之spatialDE分析背景：使用python包spatialDE分析10x v2空轉(zhuǎn)數(shù)據(jù)稀拐。 01.軟件介紹 spatialDE用于非線性和非參數(shù)地計算依賴于空間位置坐...
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單細(xì)胞VDJ分析背景知識背景：單細(xì)胞VDJ的背景、原理等丹弱。 1.為什么做單細(xì)胞VDJ德撬？ 理論上生物體內(nèi)的基因組DNA是完全相同的铲咨，除了腫瘤細(xì)胞會發(fā)生頻繁的DNA突變。因...
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單細(xì)胞ATAC分析標(biāo)準(zhǔn)流程（詳細(xì)版）背景：單細(xì)胞ATAC分析流程介紹蜓洪。 1.為什么做單細(xì)胞ATAC分析纤勒？ 單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析的是單細(xì)胞分辨率上不同細(xì)胞之間的轉(zhuǎn)錄組（mRNA）差異，由...
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單細(xì)胞ATAC分析之上游cellranger-arc分析背景：使用10x的cellranger-arc實現(xiàn)10x單細(xì)胞ATAC和單細(xì)胞RNA的上游分析隆檀。 為什么做單細(xì)胞ATAC分析單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組是單細(xì)胞...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組上游分析-上游分析流程及知識點整理背景：從生信的角度學(xué)習(xí)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組的上游相關(guān)流程以及知識點摇天。 10x測序平臺 從cellranger的學(xué)習(xí)開始，cellranger是處理10X...
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左連接-使用R/python實現(xiàn)兩個數(shù)據(jù)的左連接背景：使用R或者python實現(xiàn)兩個數(shù)據(jù)集的左連接刚操，以此完成部分生信需求闸翅。 python實現(xiàn)python是我學(xué)的第一門編程語言，pandas是我...