生信小白一枚座舍，<br><br>有問(wèn)題可以私信我笛臣，<br><br>謝謝孤澎。
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：浙江
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因?yàn)檫@三個(gè)R方法其實(shí)是寫(xiě)在同一個(gè)腳本里的,sc.list是前兩個(gè)方法需要用到的暇唾，第三個(gè)不用，直接刪除就好
批次校正-單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析批次效應(yīng)的校正scRNA-02
背景：2013年到2023年是單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析的第一個(gè)十年剿骨。批次校正在單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析中至關(guān)重要代芜，根據(jù)不同樣本的基因表達(dá)模式可以分析樣本與樣本之間的生物學(xué)差異。然而基因表達(dá)模...
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ATAC-bulk rna的染色質(zhì)可及性分析流程
00.背景 基于常規(guī)轉(zhuǎn)錄組（bulk rna）的數(shù)據(jù)進(jìn)行染色質(zhì)可及性（ATAC）的常規(guī)分析流程浓利。代碼僅供參考挤庇。 01.質(zhì)控 和別的組學(xué)一樣，拿到原始fastq數(shù)據(jù)的第一步時(shí)進(jìn)...
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使用read.table讀取數(shù)據(jù)行數(shù)少于read.csv
非炒矗坑的地方嫡秕， 一堆分析做完了，發(fā)現(xiàn)第一步數(shù)據(jù)的行數(shù)對(duì)不上苹威，檢查后發(fā)現(xiàn)使用read.csv能夠得到準(zhǔn)確的行數(shù)昆咽，而使用read.table得到的行數(shù)遠(yuǎn)遠(yuǎn)少于使用read.csv...
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請(qǐng)問(wèn)ATAC得到的結(jié)果怎么和peaks聯(lián)系起來(lái)呢？是要進(jìn)行peak calling嗎牙甫？
第9篇：差異peaks分析——DiffBind
學(xué)習(xí)目標(biāo) 學(xué)習(xí)用DiffBind流程評(píng)估兩個(gè)樣本間的差異結(jié)合區(qū)域 用PCA評(píng)估樣本間的關(guān)系 評(píng)估不同工具得到的差異peaks的一致性 評(píng)估差異peaks富集的工具 ATAC-...
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Error in hclust(d, method = method)：外接函數(shù)調(diào)用時(shí)不能有NA/NaN/Inf(arg10)
記錄一個(gè)小bug：使用pheatmap繪制熱圖時(shí)掷酗，使用scale參數(shù)總報(bào)錯(cuò)： 只需要?jiǎng)h除原始數(shù)據(jù)中標(biāo)準(zhǔn)差為0的行即可： 原因是scale對(duì)每行進(jìn)行以下處理： 其分母（每行的標(biāo)...
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空轉(zhuǎn)下游之spatialDE分析背景：使用python包spatialDE分析10x v2空轉(zhuǎn)數(shù)據(jù)。 01.軟件介紹 spatialDE用于非線性和非參數(shù)地計(jì)算依賴(lài)于空間位置坐標(biāo)的特征基因窟哺。 特點(diǎn)：無(wú)監(jiān)督的...
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A comparative atlas of single-cell chromatin accessibility in the human brain發(fā)表期刊和時(shí)間：Science泻轰，13 October 2023Lab：Bing Ren， 實(shí)驗(yàn)室正在研究正常和癌癥細(xì)胞的基因調(diào)節(jié)機(jī)制且轨，與路德維希研究所和加州大學(xué)合作密切糕殉。摘要...
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單細(xì)胞VDJ分析背景知識(shí)背景：?jiǎn)渭?xì)胞VDJ的背景亩鬼、原理等殖告。 1.為什么做單細(xì)胞VDJ阿蝶？ 理論上生物體內(nèi)的基因組DNA是完全相同的，除了腫瘤細(xì)胞會(huì)發(fā)生頻繁的DNA突變黄绩。因此羡洁，常規(guī)的單細(xì)胞研究不用關(guān)心D...
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單細(xì)胞ATAC分析標(biāo)準(zhǔn)流程（詳細(xì)版）背景：?jiǎn)渭?xì)胞ATAC分析流程介紹。 1.為什么做單細(xì)胞ATAC分析爽丹？ 單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析的是單細(xì)胞分辨率上不同細(xì)胞之間的轉(zhuǎn)錄組（mRNA）差異筑煮，由中心法則可以知道，生物發(fā)生的過(guò)...
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單細(xì)胞ATAC分析之上游cellranger-arc分析背景：使用10x的cellranger-arc實(shí)現(xiàn)10x單細(xì)胞ATAC和單細(xì)胞RNA的上游分析粤蝎。 為什么做單細(xì)胞ATAC分析單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組是單細(xì)胞技術(shù)中較為常用的方法真仲，它分析的...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組上游分析-上游分析流程及知識(shí)點(diǎn)整理背景：從生信的角度學(xué)習(xí)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組的上游相關(guān)流程以及知識(shí)點(diǎn)。 10x測(cè)序平臺(tái) 從cellranger的學(xué)習(xí)開(kāi)始初澎，cellranger是處理10X測(cè)序平臺(tái)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組序列的軟件...
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左連接-使用R/python實(shí)現(xiàn)兩個(gè)數(shù)據(jù)的左連接背景：使用R或者python實(shí)現(xiàn)兩個(gè)數(shù)據(jù)集的左連接秸应，以此完成部分生信需求。 python實(shí)現(xiàn)python是我學(xué)的第一門(mén)編程語(yǔ)言碑宴，pandas是我最早接觸的處理數(shù)據(jù)框的庫(kù)软啼。首先...
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桑基圖可視化-使用R/python繪制裳幽基圖背景：使用R/python繪制苫雠玻基圖可視化。 使用R繪制烧昙洌基圖需要下載兩個(gè)特定版本的包： dplyr v1.0.1[https://cran.r-project.org/sr...
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docker入門(mén)使用-linux下的docker入門(mén)命令背景：在linux系統(tǒng)上使用docker創(chuàng)建鏡像贿条，使用容器。 在日常的生信分析過(guò)程中增热，環(huán)境的配置往往比數(shù)據(jù)分析本身還令人頭疼整以。conda的使用方便了R和python包的下載，...
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作者您好钓葫，請(qǐng)問(wèn)GO功能注釋時(shí)使用的uniref90_idmapping.pl腳本是哪里的呢
宏基因組測(cè)序分析（十）功能注釋
eggnog注釋 使用在線版 eggnog-mapper 進(jìn)行 eggnog 數(shù)據(jù)庫(kù)注釋悄蕾。 eggnong數(shù)據(jù)庫(kù)全稱(chēng)為evolutionary genealogy of ge...
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博主您好我想請(qǐng)教一下：我沒(méi)有使用-m參數(shù)默認(rèn)是HMMER，但是我使用top打開(kāi)進(jìn)程發(fā)現(xiàn)還是用的是diamond础浮，這是正常的嗎
應(yīng)該是最好的eggnog-mapper功能注釋教程
eggnog-mapper實(shí)現(xiàn)功能注釋 eggNOG-Mapper介紹 通常功能注釋的思路都是基于序列相似性找直系同源基因帆调，常見(jiàn)的方法就是BLAST+BLAST2GO， 或者...
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博主你好豆同，我想請(qǐng)教一個(gè)問(wèn)題：為什么Salmon比對(duì)結(jié)果的count中會(huì)有小數(shù)存在呢番刊？比對(duì)上的read數(shù)目不應(yīng)該都是整數(shù)嗎
快速計(jì)算基因表達(dá)軟件：Salmon
我們常見(jiàn)的轉(zhuǎn)錄組表達(dá)分析一般都是將reads比對(duì)至參考基因組或者轉(zhuǎn)錄組上，然后在基因或者轉(zhuǎn)錄本水平上定量表達(dá)豐度影锈。 但最近在做小RNA分析時(shí)卻遇到了沒(méi)有參考基因組注釋文件（g...
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基于github使用原生的html/css/js搭建個(gè)人網(wǎng)頁(yè)-web01背景：在不使用服務(wù)器的情況下芹务，依托g(shù)ithub搭建個(gè)人網(wǎng)頁(yè)蝉绷。主要使用前端老三套html/css/js。 github托管注冊(cè)個(gè)人github賬號(hào)并登錄枣抱，進(jìn)入主頁(yè)：image....
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circos安裝與使用-circos繪制圈圖在linux系統(tǒng)上使用circos繪制圈圖熔吗。 circos的安裝安裝是需要管理員權(quán)限的，需要添加到sudo組中佳晶，我這里我的權(quán)限就是sudo：進(jìn)入軟件路徑cd 01.softw...