發(fā)簡信
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VCF文件的一些處理方法
根據(jù)vcf文件提取樣本名 使用bcftools concat 合并相同樣本不同染色體的vcf 檢查：
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基因家族分析以MYB為例 從pfam網(wǎng)站下載Myb_DNA-binding.hmm 驗(yàn)證提取到的MYB蛋白是否都具有MYB的結(jié)構(gòu)域1.可以使用網(wǎng)站 Inte...
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Linux中安裝R包pophelper
R包版本首先使用conda下載devtools 進(jìn)入R并使用devtools下載pophelper 如圖 成功安裝pophelper包 下載指定...
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關(guān)于call SNP無變異位點(diǎn)的解決方法
本次使用bcftools call SNP 按以上流程跑完后，vcf文件沒有call 出任何SNP桑驱。 bcftools mpileup 中添加 ...
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安裝基因組組裝軟件DipAsm
DipAsm[https://github.com/shilpagarg/DipAsm] 是一個(gè)利用HiFi數(shù)據(jù)和Hi-C數(shù)據(jù)植康，不需要親本信息而...
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bcftools根據(jù)樣品拆分vcf文件文件1：需要提出的樣品的id殷蛇，文件名DB_sample.list 文件2：含有不同樣本的變異位點(diǎn)的vcf文件 利用bcftools提取DB_sa...
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使用Aspera曙强，wget和 prefetch下載SRA數(shù)據(jù)下載Accession list 進(jìn)入NCBI——進(jìn)入SRA數(shù)據(jù)庫——輸入物種拉丁名——選擇Send to中的RunSelector——Go 點(diǎn)...
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[R語言學(xué)習(xí)] 使用ggplot2進(jìn)行數(shù)據(jù)可視化數(shù)據(jù)：ggplot2包中的mpg數(shù)據(jù)框 創(chuàng)建ggplot圖形 函數(shù)geom_point()可創(chuàng)建散點(diǎn)圖，ase()函數(shù)的x參數(shù)和y參數(shù)分別指定了...