根據(jù)vcf文件提取樣本名 使用bcftools concat 合并相同樣本不同染色體的vcf 檢查：
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：安徽
-
Admixtools的使用 - 以D統(tǒng)計(jì)和f4統(tǒng)計(jì)(qpDstat)為例-2. 僅作筆記，僅介紹軟件的使用硫眯，不涉及原理 -1. 使用的是SNP的數(shù)據(jù)/vcf文件 https://github.com/DReichLab/AdmixTools 0....
-
用于記錄學(xué)習(xí)過程中的重要內(nèi)容，以及一些遇見的問題和解決辦法竞膳。
-
從群體基因組數(shù)據(jù)推斷祖先
最近看了一篇綜述，粗略翻譯一下文獻(xiàn)：Padhukasahasram, B. (2014). Inferring ancestry from population genomi...
-
LInux命令行光標(biāo)移動(dòng)
當(dāng)在Linux命令行中操作時(shí)诫硕，以下是一些常用的光標(biāo)操作技巧：移動(dòng)光標(biāo)到行首：Ctrl + a移動(dòng)光標(biāo)到行尾：Ctrl + e移動(dòng)光標(biāo)到上一個(gè)單詞的開頭：Ctrl + ←移動(dòng)光...
-
R繪制優(yōu)美的進(jìn)化樹（基礎(chǔ)）這篇文章主要是介紹繪制進(jìn)化樹用的ggtree以及一些拓展包的基礎(chǔ)用法坦辟，因?yàn)間g系列繪圖的邏輯基本是搭積木，這種介紹性的文章能夠幫助快速的找到想要的“積木”以及拼接的方法章办，剩下...
-
宏基因組學(xué)/群體遺傳學(xué) 方向
-
基于Vcf文件進(jìn)行基因單倍型分析單倍型藕届，是單倍體[https://baike.baidu.com/item/%E5%8D%95%E5%80%8D%E4%BD%93/304058]基因型的簡(jiǎn)稱挪蹭，在遺傳學(xué)上是指...
-
用R語言對(duì)vcf文件進(jìn)行數(shù)據(jù)挖掘.10 利用vcf信息判斷物種染色體倍數(shù)目錄 前言[http://www.reibang.com/p/729673778e43] 方法簡(jiǎn)介[http://www.reibang.com/p/d9bd081763...
-
基因家族分析以MYB為例 從pfam網(wǎng)站下載Myb_DNA-binding.hmm 驗(yàn)證提取到的MYB蛋白是否都具有MYB的結(jié)構(gòu)域1.可以使用網(wǎng)站 InterPro (ebi.ac.uk...
-
-
不好意思嚣潜，我沒有報(bào)過這個(gè)錯(cuò)，不過你可以檢查seqid和layout文件椅贱，這兩個(gè)文件不要在Windows系統(tǒng)生成，你直接在linux系統(tǒng)中復(fù)制粘貼只冻。
[比較基因組] 共線性分析（jcvi）
jcvi軟件的使用 官網(wǎng)[https://github.com/tanghaibao/jcvi/issues/300] 軟件下載 3 測(cè)試數(shù)據(jù)下載（下載前去Phytozome...
-
PLINK+TASSEL做GWAS+Post-GWAS分析此視頻來自B站庇麦，是非常好和全的的一個(gè)GWAS操作的視頻，從開始準(zhǔn)備軟件下載喜德，數(shù)據(jù)過濾山橄，到最后的候選基因注釋。GWAS的實(shí)戰(zhàn)視頻https://www.bilibili.com...
-
Linux中安裝R包pophelper
R包版本首先使用conda下載devtools 進(jìn)入R并使用devtools下載pophelper 如圖 成功安裝pophelper包 下載指定版本的包
-
【Linux小筆記】無root權(quán)限時(shí)如何安裝軟件
在服務(wù)器上經(jīng)常遇到需要安裝某個(gè)軟件包的時(shí)候發(fā)現(xiàn)需要root權(quán)限才可以執(zhí)行編譯以進(jìn)行安裝舍悯。那么除了向管理員申請(qǐng)superuser的權(quán)限這樣比較麻煩的處理以外就需要掌握如何在沒有...
-
構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹：貝葉斯法建樹寫在前面：我對(duì)建樹也是一知半解航棱，這里只是想記錄一下自己跟別人學(xué)習(xí)的建樹方法，可能不具有普適性萌衬。但畢竟寫在公眾平臺(tái)饮醇，大家選擇性參考。 主要的步驟包括用jModelTest來選擇...
-
張紅祥，中國(guó)科學(xué)院植物研究所混移。<br>交流祠墅，分享。
-
序列比對(duì)軟件 MUMmer 結(jié)果可讀化處理（四）
關(guān)于該軟件的計(jì)算可選參數(shù)以及結(jié)果文件的解讀歌径，見前三篇分享： 序列比對(duì)軟件 MUMmer 快速上手（一）[http://www.reibang.com/writer#/not...
-
測(cè)序數(shù)據(jù)的深度毁嗦、覆蓋度等計(jì)算Coverage Depth 覆蓋深度 mapping depth 基因組被測(cè)序片段（短讀 short reads）“覆蓋”的強(qiáng)度有多大？ 每一堿基的覆蓋率是基因組堿基被測(cè)序...
