簡(jiǎn)介 plot1cell包提供了多種單細(xì)胞數(shù)據(jù)可視化的高級(jí)功能浩螺，可以基于Seurat分析結(jié)果對(duì)象直接進(jìn)行可視化繪圖，主要依賴于Seurat V4，circlize，Compl...
前言：以下是我在自己理解的基礎(chǔ)上做的總結(jié)，介紹了機(jī)器學(xué)習(xí)的定義以及評(píng)估算法的幾個(gè)概念鸿市。 定義 機(jī)器學(xué)習(xí)是一門從數(shù)據(jù)中研究算法的科學(xué)學(xué)科。是根據(jù)已有的數(shù)據(jù)即碗，進(jìn)行算法選擇焰情，并基于...
細(xì)胞注釋是單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析的重要環(huán)節(jié)裸准，來自加拿大的研究人員在《Nature protocols》發(fā)表細(xì)胞注釋教程綜述，介紹了單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析中細(xì)胞注釋的一般工作流程赔硫，涵蓋...
1.先在命令行中輸入以下命令炒俱，創(chuàng)建虛擬環(huán)境： conda create -n imap python=3.6 2.激活剛剛創(chuàng)建的環(huán)境：conda activate imap ...
引用：葬花樸[https://www.cnblogs.com/listen2099/] 1.scanpy.external.pp.mnn_correct** 第一步：將表達(dá)量...
b cel那有點(diǎn)小問題 那看來細(xì)胞注釋的時(shí)候后面都加_0??
scanpy不同cluster及細(xì)胞類型合并在用scanpy進(jìn)行單細(xì)胞分析時(shí)往往要對(duì)聚類(leiden)后的簇進(jìn)行細(xì)胞類型的標(biāo)注并生成細(xì)胞圖譜权悟，但是在通常使用的更改注釋的方法中 new_cluster_names的字符...
前面已經(jīng)講解了：?jiǎn)渭?xì)胞分析實(shí)錄(1): 認(rèn)識(shí)Cell Hashing[http://www.reibang.com/p/02b70bda5d0a]單細(xì)胞分析實(shí)錄(2): 使...
學(xué)習(xí)資料來源：scanpy主頁(yè)：https://scanpy.readthedocs.io/en/stable/[https://scanpy.readthedocs.io/...
單細(xì)胞測(cè)序數(shù)據(jù)經(jīng)Seurat包tsne降維聚類后，得到cluster推盛，如何找出cluster的marker并進(jìn)行GO峦阁、KEGG分析 需要R包：Seurat、clusterPr...
scVelo于2020年發(fā)表在Nature Biotechnology[https://www.nature.com/articles/s41587-020-0591-3]耘成，...
擬時(shí)（pseudotime）分析，又稱細(xì)胞軌跡（cell trajectory）分析蝴猪，通過擬時(shí)分析可以推斷出發(fā)育過程細(xì)胞的分化軌跡或細(xì)胞亞型的演化過程调衰，在發(fā)育相關(guān)研究中使用頻...
軌跡分析系列： 單細(xì)胞之軌跡分析-1：RNA velocity[http://www.reibang.com/p/ee0f7a8e6a06] 單細(xì)胞之軌跡分析-2：mono...
擬時(shí)間分析比較 http://genome.annoroad.com/News/Industry/1061.html https://mp.weixin.qq.com/s?_...
