簡介 plot1cell包提供了多種單細(xì)胞數(shù)據(jù)可視化的高級功能柱告，可以基于Seurat分析結(jié)果對象直接進行可視化繪圖，主要依賴于Seurat V4，circlize，Compl...
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plot1cell：優(yōu)雅的可視化你的單細(xì)胞數(shù)據(jù) -
機器學(xué)習(xí)篇(1)——基礎(chǔ)入門簡介前言：以下是我在自己理解的基礎(chǔ)上做的總結(jié)秒旋，介紹了機器學(xué)習(xí)的定義以及評估算法的幾個概念菜枷。 定義 機器學(xué)習(xí)是一門從數(shù)據(jù)中研究算法的科學(xué)學(xué)科铃芦。是根據(jù)已有的數(shù)據(jù)纤壁，進行算法選擇左刽，并基于...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù) 細(xì)胞注釋指南
細(xì)胞注釋是單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析的重要環(huán)節(jié)，來自加拿大的研究人員在《Nature protocols》發(fā)表細(xì)胞注釋教程綜述酌媒，介紹了單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析中細(xì)胞注釋的一般工作流程欠痴，涵蓋...
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jupyter notebook 如何切換虛擬環(huán)境1.先在命令行中輸入以下命令，創(chuàng)建虛擬環(huán)境： conda create -n imap python=3.6 2.激活剛剛創(chuàng)建的環(huán)境：conda activate imap ...
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scanpy數(shù)據(jù)整合批次效應(yīng)去除原理引用：葬花樸[https://www.cnblogs.com/listen2099/] 1.scanpy.external.pp.mnn_correct** 第一步：將表達(dá)量...
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單細(xì)胞分析實錄(7): 差異表達(dá)分析/細(xì)胞類型注釋
前面已經(jīng)講解了：單細(xì)胞分析實錄(1): 認(rèn)識Cell Hashing[http://www.reibang.com/p/02b70bda5d0a]單細(xì)胞分析實錄(2): 使...
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scanpy官方教程2022||03-scanpy包核心繪圖功能學(xué)習(xí)資料來源：scanpy主頁：https://scanpy.readthedocs.io/en/stable/[https://scanpy.readthedocs.io/...
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找出cluster的差異基因并進行GO和KEGG分析
單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)經(jīng)Seurat包tsne降維聚類后馍佑，得到cluster斋否，如何找出cluster的marker并進行GO、KEGG分析 需要R包：Seurat拭荤、clusterPr...
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使用scVelo進行RNA velocity分析-01scVelo于2020年發(fā)表在Nature Biotechnology[https://www.nature.com/articles/s41587-020-0591-3]，...
