之前對(duì)R語(yǔ)言和Linux是沒(méi)有一點(diǎn)基礎(chǔ)，所以詳細(xì)記錄怎么入門以及如何使用渤昌。R語(yǔ)言應(yīng)用很廣，知識(shí)很多附井，生信分析主要常用哪些知識(shí)分蓖，牢牢掌握那些知識(shí)點(diǎn)且應(yīng)用熟練。
發(fā)簡(jiǎn)信
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【生信】格式轉(zhuǎn)換：轉(zhuǎn)成bed及bed12格式
基因組注釋gtf文件或bed6文件轉(zhuǎn)bed12文件 上一篇詳細(xì)介紹了bed格式裹赴，尤其清楚的解釋了bed格式中的最后三列喜庞，這三列對(duì)于理解bed12格式轉(zhuǎn)換至關(guān)重要。 本文主要介...
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謝謝大佬棋返！
表達(dá)矩陣的合并
劉小澤寫(xiě)于2018.8.20利用htseq-count延都、featureCounts等定量軟件生成的counts計(jì)數(shù)文件都是單獨(dú)的，后續(xù)進(jìn)行統(tǒng)計(jì)需要將它們匯集到一起 實(shí)例測(cè)試（...
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表達(dá)矩陣的合并劉小澤寫(xiě)于2018.8.20利用htseq-count睛竣、featureCounts等定量軟件生成的counts計(jì)數(shù)文件都是單獨(dú)的晰房，后續(xù)進(jìn)行統(tǒng)計(jì)需要將它們匯集到一起 實(shí)例測(cè)試（...
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作者，你好，我在用myobj <- methRead(file_list,sample.id=list("test1","test2","contr1","contr2"),assembly="M.musculus",treatment=c(1,1,0,0)) 命令的時(shí)候出現(xiàn)了Error in `[.data.frame`(data, , 5) : undefined columns selected這樣的報(bào)錯(cuò)殊者？請(qǐng)問(wèn)你遇到過(guò)這樣的問(wèn)題嗎与境？
methylKit 進(jìn)行差異甲基化分析
methylKit 是一個(gè)用于分析甲基化測(cè)序數(shù)據(jù)的R包，不僅支持WGBS猖吴，RRBS和目的區(qū)域甲基化測(cè)序摔刁，還支持oxBS-sq, TAB-seq等分析5hmc的數(shù)據(jù)。 其核心功...
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作者海蔽，你好共屈，我在用myobj <- methRead(file_list,sample.id=list("test1","test2","contr1","contr2"),assembly="M.musculus",treatment=c(1,1,0,0)) 命令的時(shí)候出現(xiàn)了Error in `[.data.frame`(data, , 5) : undefined columns selected這樣的報(bào)錯(cuò)？請(qǐng)問(wèn)你遇到過(guò)這樣的問(wèn)題嗎党窜？
methylKit 進(jìn)行差異甲基化分析
methylKit 是一個(gè)用于分析甲基化測(cè)序數(shù)據(jù)的R包拗引，不僅支持WGBS，RRBS和目的區(qū)域甲基化測(cè)序幌衣，還支持oxBS-sq, TAB-seq等分析5hmc的數(shù)據(jù)矾削。 其核心功...
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你好，我想問(wèn)一下你有沒(méi)有遇到過(guò)在用bsseq處理數(shù)據(jù)時(shí)豁护，數(shù)據(jù)帶有NA哼凯，進(jìn)而到BSmooth.tstat這一步?jīng)]辦法進(jìn)行的現(xiàn)象？如果有的話择镇，我能問(wèn)問(wèn)您是怎么解決的嗎挡逼？
bsseq 進(jìn)行差異甲基化分析