PASA[http://pasa.sourceforge.net/], acronym for Program to Assemble** S**pliced Alignme...
發(fā)簡信
IP屬地：湖北
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基于PASA進(jìn)行基因預(yù)測
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基因注釋：基于SNAP+Augustus+GeneMark的maker3 pipeline
我使用的maker版本為3.01.04 第一輪：將已知基因比對到基因組 包括兩個(gè)部分：??屏蔽重復(fù)序列??將已知的轉(zhuǎn)錄組/蛋白序列與基因組進(jìn)行比對 1.（可選）構(gòu)建自定義重復(fù)序列...
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用k-mer分析進(jìn)行基因組調(diào)查：（一）基本原理（全文5058字） 【推薦】用Smudgeplot評估物種倍性后，用組合jellyfish+GenomeScope1.0做二倍體物種的基因組調(diào)查，用組合KMC+GenomeS...
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@百樂霂颼 CDS
WGD（全基因組復(fù)制）分析——Ka/Ks及4Dtv值計(jì)算
一蛙吏、4Dtv（四倍簡并位點(diǎn)顛換率）的定義 4DTV stands for four-fold synonymous (degenerative) third-codon tr...
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RNA-Seq data analysis數(shù)據(jù)準(zhǔn)備 數(shù)據(jù)來源 測序下機(jī)數(shù)據(jù) 直接進(jìn)行質(zhì)控和后續(xù)分析； 已發(fā)表數(shù)據(jù) 以“The PP2A-interactor TIP41 modulates ABA responses...
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@Amant_8bb4 應(yīng)該還是ete3模塊的問題后德，你的python版本是多少? 可視化需要python3的環(huán)境
基因家族擴(kuò)張與收縮分析及物種進(jìn)化樹構(gòu)建（上）
一部宿、數(shù)據(jù)準(zhǔn)備 首先，選取不同物種的Protein數(shù)據(jù)集：Arabidopsis_thaliana.fa瓢湃；Citrus_grandis.fa理张；Dimocarpus_longan...
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@padingtoon 嗯嗯亲善，是的，有些基因組可能沒有做可變剪切的注釋逗柴，所以這部分信息就沒有
基因家族擴(kuò)張與收縮分析及物種進(jìn)化樹構(gòu)建（上）
一蛹头、數(shù)據(jù)準(zhǔn)備 首先，選取不同物種的Protein數(shù)據(jù)集：Arabidopsis_thaliana.fa戏溺；Citrus_grandis.fa渣蜗；Dimocarpus_longan...
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@padingtoon 這個(gè)腳本是根據(jù)ID來區(qū)分不同轉(zhuǎn)錄本的，通常一個(gè)基因有多個(gè)轉(zhuǎn)錄本旷祸，ID會用".1"耕拷、".2"等來區(qū)分，所以這個(gè)腳本識別ID的時(shí)候是用"."來切分的托享，對于同一ID的不同轉(zhuǎn)錄本骚烧，取最長的那個(gè)浸赫。可能不同基因組有自己的命名方式赃绊，這個(gè)需要根據(jù)實(shí)際情況做調(diào)整既峡。希望對你有幫助~
基因家族擴(kuò)張與收縮分析及物種進(jìn)化樹構(gòu)建（上）
一、數(shù)據(jù)準(zhǔn)備 首先碧查，選取不同物種的Protein數(shù)據(jù)集：Arabidopsis_thaliana.fa运敢；Citrus_grandis.fa；Dimocarpus_longan...
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周運(yùn)來卦方，男，長大了才會遇到的帥哥泰佳，穩(wěn)健愿汰，瀟灑，大方乐纸，靠譜。一段生信緣摇予，一棵技能樹汽绢。生信技能樹核心成員，單細(xì)胞天地供稿人侧戴，簡書創(chuàng)作者宁昭，單細(xì)胞數(shù)據(jù)科學(xué)家。
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Seurat 4.0 || WNN整合scRNA和scATAC數(shù)據(jù)前情回顧 Seurat 4.0 ||單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析工具箱有更新[http://www.reibang.com/p/48e4f61e3a84]Seurat 4.0 ||單細(xì)胞...
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RNA-seq(10):KEGG通路可視化:gage和pathview這部分直接從上部分RNA-seq(9):富集分析(功能注釋)[http://www.reibang.com/p/5d82acad6008]的數(shù)據(jù)而來酗宋，當(dāng)然如果你上部分?jǐn)?shù)據(jù)存...
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@BonesAQ 通常應(yīng)該會有g(shù)tf或CDS文件积仗，自己轉(zhuǎn)換下就行了
基因家族擴(kuò)張與收縮分析及物種進(jìn)化樹構(gòu)建（上）
一、數(shù)據(jù)準(zhǔn)備 首先蜕猫，選取不同物種的Protein數(shù)據(jù)集：Arabidopsis_thaliana.fa寂曹；Citrus_grandis.fa；Dimocarpus_longan...
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葡萄性別決定的遺傳基礎(chǔ)今天分享一篇來自nature communications的文章：The genetic basis of sex determination in grapes Masso...
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miRNA-seq小RNA高通量測序pipeline：從raw reads回右，鑒定已知miRNA-預(yù)測新miRNA隆圆，到表達(dá)矩陣【二】該教程分為2部分，第1部分在：miRNA-seq小RNA高通量測序pipeline：從raw reads翔烁，鑒定已知miRNA-預(yù)測新miRNA渺氧，到表達(dá)矩陣【一】 到此時(shí)，原始...
