影響因子：12.4 研究概述：肝癌是全球第三大致癌死亡的原因蚯妇，也是第六大常見的腫瘤類型省容。其中封锉，肝細(xì)胞癌（HCC）為最常見的肝癌類型铆遭，其次為肝內(nèi)膽管癌（ICC），這兩種類型合計...
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最新12+單細(xì)胞生信蝗羊，探索DAB2+ Macro與FAP+ CAFs關(guān)系锡溯，高端生信值得模仿潭千！ -
最新15分泛癌腫瘤相關(guān)巨噬細(xì)胞圖譜盒齿，圖譜構(gòu)建需要太多背景知識念逞，值得收藏！影響因子：13 研究概述：癌細(xì)胞內(nèi)在因素與腫瘤微環(huán)境（TME）之間的復(fù)雜相互作用決定了癌癥的預(yù)后边翁、進(jìn)展和治療效果翎承。腫瘤相關(guān)巨噬細(xì)胞（TAMs）是這一環(huán)境中高度多樣化且復(fù)制的組...
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最新15分泛癌腫瘤NK細(xì)胞圖譜，NK細(xì)胞亞群鑒定參考依據(jù)符匾。圖譜構(gòu)建需要太多背景知識叨咖，值得收藏！影響因子：27.7 研究概述：NK細(xì)胞是固有免疫淋巴細(xì)胞啊胶，能直接殺死病毒感染的細(xì)胞甸各，并調(diào)控適應(yīng)性免疫反應(yīng)的早期階段，在免疫反應(yīng)中發(fā)揮重要作用焰坪。NK細(xì)胞通常分為兩類：CD56b...
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空間轉(zhuǎn)錄組分析---SPOTlight（1.0.1版本）空間轉(zhuǎn)錄組+單細(xì)胞聯(lián)合分析---（SPOTlight最新版教程） 作者在2022年更新了SPOTlight腳本代碼趣倾，或許有伙伴在運行以往的版本教程（https://marce...
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空間轉(zhuǎn)錄組2022||空間數(shù)據(jù)反卷積RCTD分析：full mode on Visium hippocampus參考教程鏈接： https://github.com/dmcable/spacexr[https://github.com/dmcable/spacexr] 官方教程： ht...
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【生信實戰(zhàn)】空間轉(zhuǎn)錄組反卷積——帶你了解Spot里究竟都有點啥細(xì)胞隨著空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)的普及，越來越多的課題開始使用這一技術(shù)琳彩。當(dāng)前誊酌，以10X Visium為代表的空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)是目前最常見的技術(shù)。然而露乏，10X Visium由于技術(shù)本身的局限性...
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文獻(xiàn)速遞||cell2location軟件聯(lián)合單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行空間轉(zhuǎn)錄組細(xì)胞映射同名gzh：BBio //前言 對空間轉(zhuǎn)錄組的組織駐留細(xì)胞類型的復(fù)雜映射仍然是一個挑戰(zhàn)碧浊。原因之一是器官間細(xì)胞的巨大多樣性，包括無數(shù)細(xì)粒細(xì)胞類型瘟仿，如免疫細(xì)胞箱锐、免疫細(xì)胞、基質(zhì)細(xì)胞...
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【生信實戰(zhàn)】scRNA單細(xì)胞/ST空間轉(zhuǎn)錄組細(xì)胞注釋完全指導(dǎo)手冊隨著單細(xì)胞技術(shù)的發(fā)展和普及劳较，越來越多的課題組開始使用單細(xì)胞技術(shù)進(jìn)行自己的課題研究驹止。然而，在單細(xì)胞的注釋上观蜗，商業(yè)公司提供的流程化注釋往往難以滿足實際的需求臊恋，甚至得到牛頭不對馬嘴...
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空間轉(zhuǎn)錄組第九講：利用SingleR進(jìn)行細(xì)胞類型注釋
前面我們說過空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)不是真正的單細(xì)胞水平，每個spot會捕獲5-10個細(xì)胞墓捻，這樣每個spot里實際上可能存在幾種不同類型的細(xì)胞抖仅。但是對于大部分組織細(xì)胞來說同一區(qū)域周圍更...
