Illumina是常見的3大制造商之一软免，lumi包主要針對(duì)Illumina公司出品的bead系列表達(dá)譜和甲基化芯片進(jìn)行質(zhì)控骨望、標(biāo)準(zhǔn)化娄猫，獲得表達(dá)矩陣泌参。它已經(jīng)封裝好lumiExpr...
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R|illumina芯片beads系列-lumi -
熱圖復(fù)現(xiàn)-2022.12.3原圖 復(fù)現(xiàn)結(jié)果 代碼 重點(diǎn)： 對(duì)圖例各參數(shù)的調(diào)整 image.png霎桅，其中需要注意的是旅择，當(dāng)圖例是連續(xù)變量時(shí)宣赔，修改寬度用grid_width=unit(0.3,'cm'),修改...
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棒棒糖圖復(fù)現(xiàn)效果 原圖 配色懶得改了预麸，隨便選的幾個(gè)配色。復(fù)習(xí)了一下ggplot2畫圖語法儒将，好久沒畫圖吏祸，都忘完了！９澄谩贡翘！學(xué)習(xí)了一下geom_rect()函數(shù)和geom_abline()函數(shù)的...
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微衛(wèi)星不穩(wěn)定性（MSI）蹈矮、錯(cuò)配修復(fù)（MMR）和腫瘤突變負(fù)荷（TMB）概念及關(guān)系記錄
胚系突變（Germline Mutation）是指在人的胚胎發(fā)育期已經(jīng)攜帶的變異（幾乎全部遺傳自父母），存在于生殖細(xì)胞內(nèi)具有遺傳性鸣驱，構(gòu)成人與人的遺傳多樣性含滴。 人體的所有細(xì)胞均...
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biomarker與gene signature
gene signature 基因簽名（特征）或基因表達(dá)簽名（特征）是細(xì)胞中由于（改變或尚未改變的）生物過程或致病的醫(yī)學(xué)條件而產(chǎn)生的具有獨(dú)特特征的基因表達(dá)模式的單一或組合基因...
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pdftools——提取PDF文本內(nèi)容
因工作需要，希望快速提取pdf中的文本內(nèi)容丐巫，但是又不想用pdf轉(zhuǎn)換工具（容易亂碼）谈况，因此搜索了R語言有沒有能夠?qū)崿F(xiàn)PDF文本提取的包，發(fā)現(xiàn)了pdftools包用來提取pdf指...
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簡單小需求：如何將FPKM轉(zhuǎn)換成TPM递胧？
劉小澤寫于19.2.21或許這還是個(gè)比較常用的需求 我們做轉(zhuǎn)錄組分析碑韵，得到的結(jié)果可能是FPKM。但是FPKM確實(shí)存在不準(zhǔn)確性缎脾，推薦使用TPM祝闻。 read count和FPKM...
