最近用Orthofinder做物種進(jìn)化樹，最后出來的物種樹的結(jié)構(gòu)跟已發(fā)表研究的結(jié)果差距較大，在我的印象里Orthofinder軟件是用單拷貝直系同源基因進(jìn)行建樹的狼牺，然后跟老師...
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單拷貝直系同源基因構(gòu)建物種進(jìn)化樹 -
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基因組組裝和注釋理論基因組組裝 1.k-mer 那么我們首先要看一下k-mer是什么玫镐。它的定義是：是指將一條序列分成包含k個(gè)堿基的子字符串敞葛，如果reads長(zhǎng)度為L(zhǎng)逆屡，k-mer長(zhǎng)度設(shè)為k圾旨，則產(chǎn)生的...
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基因結(jié)構(gòu)注釋（1）：從頭注釋前言 最近的推文將是一個(gè)大系列，目錄就不放了魏蔗，可能會(huì)有點(diǎn)多砍的，主要涉及了基因注釋，比較基因組學(xué)分析莺治，基因家族分析等廓鞠，大家看我博客的順序就行。 基因注釋參考鏈接[https://...
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基因組結(jié)構(gòu)注釋1. 組裝基因組質(zhì)控 得到組裝好的基因組序列之后谣旁，首先要使用多種方法評(píng)估組裝質(zhì)量床佳。這里用到2款可用于基因組組裝質(zhì)量評(píng)估的軟件——QUAST和BUSCO。 1.1 quast—...
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基因注釋：基于SNAP+Augustus+GeneMark的maker3 pipeline
我使用的maker版本為3.01.04 第一輪：將已知基因比對(duì)到基因組 包括兩個(gè)部分：??屏蔽重復(fù)序列??將已知的轉(zhuǎn)錄組/蛋白序列與基因組進(jìn)行比對(duì) 1.（可選）構(gòu)建自定義重復(fù)序列...
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生物信息編程
