發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：上海
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A4: 蛋白質(zhì)組搜庫(kù)--安裝，建庫(kù)，搜庫(kù)粮呢，整合茧彤，分析
搜庫(kù)前準(zhǔn)備 搜庫(kù)前應(yīng)重裝系統(tǒng)屎勘，清空不必要的東西示启，可在服務(wù)器A4, A5重裝win7 PE版本（自帶U深度PE裝機(jī)工具）;安裝完后需要激活一下wi...
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Gfold安裝:Error while loading shared libraries: libgsl.so.0: cannot object file: No such fileopen s...
conda 下安裝gfold 解決： gfold 依賴于gsl庫(kù)湃密，先確認(rèn)好已安裝好gsl相關(guān)軟件巫员，which gsl查找一下庶香； 查找到已安裝過(guò)g...
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SRA各種下載
conda安裝aspera, 下載 在Linux下可以實(shí)現(xiàn)一鍵自動(dòng)產(chǎn)生下載鏈接，輸入文件為sra.txt(里面僅放SRR號(hào)简识，一行一個(gè))赶掖， 給出命...
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gatk AnalyzeCovariates 報(bào)錯(cuò)Error in readRDS(pfile)gatk4.2.5版本中g(shù)atk AnalyzeCovariates在使用時(shí)若報(bào)錯(cuò)： 則代表感猛，你的gatk沒(méi)有在有R的環(huán)境下運(yùn)行， 解決 環(huán)境布...
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STAR 2-pass, picard 到gatk的使用
!!!對(duì) RNA-seq 產(chǎn)出的數(shù)據(jù)進(jìn)行變異檢測(cè)分析奢赂，與常規(guī)重測(cè)序的主要區(qū)別就在序列比對(duì)這一步陪白，因?yàn)?RNA-seq 的數(shù)據(jù)是來(lái)自轉(zhuǎn)錄本的，比對(duì)...
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snpEff注釋vcf前構(gòu)建庫(kù)的Error ：CDS check file cds.fa' not found. Protein check file not found. Database c...
conda activate java12 #進(jìn)入還有java高版本的conda所屬環(huán)境snpEff #啟動(dòng) snpEff 構(gòu)建小鼠的數(shù)據(jù)庫(kù) 先...
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非root用戶在conda下安裝SnpEff(報(bào)錯(cuò)：Exception in thread "main" java.lang.UnsupportedClassVersionError: org/...
snpeff可以用于snp 和indel 文件的拆分膳灶，也可以用于注釋這倆文件咱士。 conda下載snpeff conda activate py...
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基因組版本轉(zhuǎn)換：Liftover
方法一：ENSEMBL 網(wǎng)頁(yè)版 輸出文件示例（前三列是猩猩基因組上的序列，最后一列是與之相對(duì)應(yīng)人的基因組序列）：.ENSEMBL 網(wǎng)頁(yè)版轧钓，鏈接：...
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轉(zhuǎn)錄本預(yù)測(cè)編碼區(qū)：在transcript中找CDS區(qū)
RNA-Seq數(shù)據(jù)組裝得到的轉(zhuǎn)錄本具有編碼蛋白質(zhì)的能力序厉。預(yù)測(cè)編碼區(qū)對(duì)于確定轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物在細(xì)胞中的分子作用至關(guān)重要!!! 通過(guò)Cufflinks或St...