1. Cre-loxp系統(tǒng)及其應用介紹 Cre-loxp系統(tǒng)源于P1噬菌體的高效重組系統(tǒng)。Cre (Causes recombination; Cyclization rec...
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單細胞繪圖系列: Seurat繪圖函數總結[http://www.reibang.com/p/95e61f7e834d] 使用ggplot2優(yōu)化Seurat繪圖[https...
單細胞轉錄組學已經改變了我們表征細胞狀態(tài)的能力,但對生物學更深入的理解需要的不僅僅是對細胞進行簡單分類。 隨著測量細胞不同維度信息的新方法的出現,一個關鍵的分析挑戰(zhàn)是整合這些...
在單細胞數據分析的過程中炊昆,Seurat包提供了一個為一個基因集打分的函數AddModuleScore(自定基因集),為基因集進行打分常見的富集分析軟件GSVA,今天我們來看看...
隨著生物學背景知識的增加,單細胞圖譜的可視化直接用10X的Loup或者seurat的Dimplot函數直接繪制的umap/tsne圖往往很難達到要求了外遇,這就要求我們提高繪圖技...
1. 兩種基因功能富集方法介紹 名詞解釋:1. 基因功能富集分析:包括過表達分析ORA注簿、功能分類打分FCS、基于同路拓撲結構PT和基于網絡拓撲結構NT和基因富集分析GSEA跳仿。...
參考生信技能樹:pyscenic的轉錄因子分析結果展示之5種可視化[https://mp.weixin.qq.com/s/SIfyGzx4fwXPtQsVvvwwMQ]诡渴、py...
01 基因富集分析基本概念 今天我們來講一講什么是基因富集分析 首先我們要抓住一個核心,那就是: “將我們挑出來的基因歸歸類菲语,聚類分析妄辩,看看這些基因的功能和我們的研究是否具有...
文章目錄 加載R包和輸入數據 表達數據整理3.edgeR包做差異表達4.limma包做差異表達5.DESeq2包做差異表達6.比較三種包差異表達基因篩選結果 1. 加載R包和...