1. 準(zhǔn)備工作 有朋友可能沒用過folium彪见，它其實就是python的一個專業(yè)繪制地圖的第三方庫，所以在使用之前需要先安裝它。 在安裝完成之后，我們可以在jupyterlab...
IP屬地：浙江
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使用 Python 地圖繪制工具 -- folium 全攻略 -
RNA-seq入門實戰(zhàn)（一）：上游數(shù)據(jù)下載、格式轉(zhuǎn)化和質(zhì)控清洗本節(jié)概覽：1.在文章中找到 GEO accession number, 從NCBI獲取數(shù)據(jù)SRR號2.在linux中使用prefetch命令根據(jù)SRR號下載SRA文件3.使用...
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Biopython 學(xué)習(xí)記錄(1)：安裝與體驗
在利用python語言處理生物信息學(xué)數(shù)據(jù)時，利用一些成熟的模塊或類可以降低我們處理數(shù)據(jù)的難度，提高速度與增加靈活性铜邮。Biopython就是這樣的一個模塊，它具備解析各種生物學(xué)...
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基因組比對專題——sam文件格式詳解(2)
在最近的學(xué)習(xí)工作中寨蹋，我越來越認(rèn)識到生物信息學(xué)分析重要的基礎(chǔ)之一是對文件格式與含義有著深刻的認(rèn)識松蒜。因此，在深入了解比對之前已旧，必須對其中所要用到的文件格式加以研究秸苗。本文參考自SA...
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基因組比對專題--sam文件格式詳盡解讀 (1)
在最近的學(xué)習(xí)工作中，我越來越認(rèn)識到生物信息學(xué)分析重要的基礎(chǔ)之一是對文件格式與含義有著深刻的認(rèn)識评姨。因此难述，在深入了解比對之前萤晴，必須對其中所要用到的文件格式加以研究。本文參考自SA...
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我記得不太清楚了胁后，如果看圖的話可能存在小于500的店读？（第一條序列）
基因家族分析（4）：基因家族蛋白質(zhì)模體鑒定與可視化
本文主要工作使用meme鑒定了SBT家族的蛋白質(zhì)模體組成對meme鑒定結(jié)果進(jìn)行處理并用ggplot2進(jìn)行可視化 4.蛋白質(zhì)與基因結(jié)構(gòu)可視化分析 4.1 蛋白質(zhì)模體預(yù)測 Pro...
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@Yorleleiyo 是的
基因家族分析（2）：基因家族鑒定與蛋白質(zhì)性質(zhì)簡單分析
本文主要工作內(nèi)容：（1）使用HMM和NCBI-CDD對基因家族進(jìn)行鑒定（2）使用幾個網(wǎng)站對基因家族表達(dá)蛋白質(zhì)的簡單性質(zhì)進(jìn)行分析 2.基因家族鑒定與基本特征探究 2.1 基因家...
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@Yorleleiyo 是的，就是這一列
基因家族分析（2）：基因家族鑒定與蛋白質(zhì)性質(zhì)簡單分析
本文主要工作內(nèi)容：（1）使用HMM和NCBI-CDD對基因家族進(jìn)行鑒定（2）使用幾個網(wǎng)站對基因家族表達(dá)蛋白質(zhì)的簡單性質(zhì)進(jìn)行分析 2.基因家族鑒定與基本特征探究 2.1 基因家...
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@Yorleleiyo ncbi的輸出結(jié)果文件中有一列專門說明每個序列含有什么結(jié)構(gòu)域攀芯，我在這里直接用grep和awk提取包含該結(jié)構(gòu)域名稱的序列id然后用seqtk提取對應(yīng)序列了
基因家族分析（2）：基因家族鑒定與蛋白質(zhì)性質(zhì)簡單分析
本文主要工作內(nèi)容：（1）使用HMM和NCBI-CDD對基因家族進(jìn)行鑒定（2）使用幾個網(wǎng)站對基因家族表達(dá)蛋白質(zhì)的簡單性質(zhì)進(jìn)行分析 2.基因家族鑒定與基本特征探究 2.1 基因家...
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基因家族分析（6）：基因家族順勢作用元件可視化本文主要工作：對SBT基因家族的順式作用元件進(jìn)行可視化 4.3 順式作用元件可視化 順式作用元件是位于基因組上的非編碼序列屯断，它一般位于基因序列的附近，主要作用是調(diào)控基因的表達(dá)...
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因為我沒接觸過細(xì)菌方面的事物侣诺，只能從感覺上說方法應(yīng)該是可以的
基因家族分析（0）：概念明晰
說明： 在最近的學(xué)習(xí)中完成了對基因家族分析流程的熟悉殖演，因此想借助簡書平臺記錄自己的學(xué)習(xí)過程。由于對基因組學(xué)只是剛剛?cè)腴T年鸳，還存在很多不熟悉的東西趴久，因此若存在理解錯誤的地方，歡迎...
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@e8a23daac694 感謝支持??
基因家族分析（5）：基因家族基因結(jié)構(gòu)可視化
本文主要工作：對SBT基因家族的基因結(jié)構(gòu)進(jìn)行可視化呈現(xiàn) 4.2 基因結(jié)構(gòu)可視化 可視化基因結(jié)構(gòu)搔确，無非就是展示基因區(qū)域的組成：3’,5’-UTR彼棍，exon或展示CDS，intr...
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因為電腦安裝不上??只能另尋出路
基因家族分析（5）：基因家族基因結(jié)構(gòu)可視化
本文主要工作：對SBT基因家族的基因結(jié)構(gòu)進(jìn)行可視化呈現(xiàn) 4.2 基因結(jié)構(gòu)可視化 可視化基因結(jié)構(gòu)膳算，無非就是展示基因區(qū)域的組成：3’,5’-UTR座硕，exon或展示CDS，intr...
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SQLBolt涕蜂，一個練習(xí)SQL的寶藏網(wǎng)站知乎上有人問學(xué)SQL有什么好的網(wǎng)站华匾，這可太多了。 我之前學(xué)習(xí)SQL買了本SQL學(xué)習(xí)指南机隙，把語法從頭到尾看了個遍蜘拉，但僅僅是心里有數(shù)的程度，后來進(jìn)公司大量的寫代碼跑數(shù)有鹿，才算真真摸...
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借助一篇文獻(xiàn)來探討單細(xì)胞空間發(fā)文現(xiàn)狀作者诸尽，Evil Genius 2022年結(jié)束了，馬上也要放假過年了印颤，新冠也好了，對象么穿肄，也有了年局，一起額都在往好的方向發(fā)展，但是單細(xì)胞空間的研究咸产，一直在路上矢否，借助一篇文獻(xiàn)，Ma...
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基因家族分析（5）：基因家族基因結(jié)構(gòu)可視化本文主要工作：對SBT基因家族的基因結(jié)構(gòu)進(jìn)行可視化呈現(xiàn) 4.2 基因結(jié)構(gòu)可視化 可視化基因結(jié)構(gòu)脑溢，無非就是展示基因區(qū)域的組成：3’,5’-UTR僵朗，exon或展示CDS赖欣，intr...
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基因組重復(fù)序列檢測：RepeatMasker的安裝及使用RepeatMasker是重復(fù)序列檢測的常用工具，通過與參考數(shù)據(jù)庫的相似性比對來準(zhǔn)確識別或屏蔽基因組中的重復(fù)序列验庙，屬于同源預(yù)測注釋的方式顶吮。下文除了RepeatMasker的使...
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基礎(chǔ)分子結(jié)構(gòu)(1): exon, intron, CDS, ORF, 3',5'-UTR分子生物學(xué)是生物學(xué)的分支，它致力于在分子層面對生命進(jìn)行研究粪薛。換句話說悴了，它主要聚焦于對DNA、RNA和蛋白質(zhì)及它們之間的相互作用违寿。分子生物學(xué)的基礎(chǔ)知識對正確運用生物信息學(xué)工具有...
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Python之faker 生成測試數(shù)據(jù)在編寫程序過程中湃交，我們常常需要用到很多數(shù)據(jù)來進(jìn)行測試。如果要是手動制造數(shù)據(jù)的話藤巢，肯定要花費大把精力搞莺，這不合理。此時我們應(yīng)該使用 faker 這個Python庫掂咒，用它來生成各種...