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全基因組關(guān)聯(lián)分析(GWAS)protocol全基因組關(guān)聯(lián)分析（Genome-wide association study檬洞，GWAS）是應(yīng)用基因組中數(shù)以百萬級別的單核苷酸多樣性（Single...
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簡短介紹下如何用GCE確定GWAS閾值
GWAS大家都很熟悉了川背，隨著目前越來越多的重測序文章的發(fā)表泳唠，可見如今SNP數(shù)據(jù)是非常的豐富介汹，以及GWAS也發(fā)展了15年了扳抽，如今到了一個后GWAS...
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群體DNA甲基化分析1——基因組各個組分相關(guān)統(tǒng)計寫于20201114這部分宅荤，我是進(jìn)行了基因組各個組分的一些統(tǒng)計贫悄。詳細(xì)內(nèi)容如下： 01.DMR和NSR在基因組中各個組分的占比 02.基因組各個基...
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EWASEWAS（Epigenome-Wide Association Study嘴高，表觀基因組關(guān)聯(lián)分析）其實(shí)就是用表觀數(shù)據(jù)進(jìn)行關(guān)聯(lián)分析竿音，目前用的最多的是...
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使用pyGenomeTracks繪制表觀展示圖pyGenomeTracks是什么 首先在介紹pyGenomeTracks之前， 先說幾個常用的表觀組學(xué)數(shù)據(jù)展示工具拴驮，IGV春瞬，UCSC和Wash...
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利用DMR進(jìn)行PCA分析使用DMR進(jìn)行PCA的主要目的是為了探究亞群中DMR是否存在大的差異，可以將不同亞群分開莹汤。因為我們知道DMR在植物中存在三種類型CG快鱼、CHG和C...
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群體分布——如何用R語言繪制群體地理分布Nathan寫于2020.08.15群體的地理分布，是做文章經(jīng)常放的第一張圖纲岭，其表明你的群體材料在地理上分布的情況（感覺是一句廢話） 01 in...
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使用OSCA進(jìn)行eQTL分析Nathan寫于20200807抹竹。OSCA（OmicS-data-based Complex trait Analysis）是楊老師2019年發(fā)...
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Minimap2比對隨筆Minimap2是李恒大牛在2018年開發(fā)的針對于三代測序數(shù)據(jù)進(jìn)行比對的工具，minimap2的優(yōu)勢是速度快止潮，而且聽說比對的結(jié)果也比較不錯窃判，不知...