使用ALLHiC基于HiC數(shù)據(jù)輔助基因組組裝 基因組組裝大致可以分為三步(1)根據(jù)序列之間的重疊情況構(gòu)建出contig握童,(2)基于二代的mate pair文庫或光學(xué)圖譜將co...
使用ALLHiC基于HiC數(shù)據(jù)輔助基因組組裝 基因組組裝大致可以分為三步(1)根據(jù)序列之間的重疊情況構(gòu)建出contig握童,(2)基于二代的mate pair文庫或光學(xué)圖譜將co...
全基因組關(guān)聯(lián)分析(Genome-wide association study郎笆,GWAS)是應(yīng)用基因組中數(shù)以百萬級(jí)別的單核苷酸多樣性(Single Nucleotide Plo...
利用clusterProfiler進(jìn)行富集分析時(shí),發(fā)現(xiàn)網(wǎng)上沒有物種包OrgDb麦到,利用網(wǎng)上教程構(gòu)建了一個(gè)绪钥。主要參考了劉小澤的簡書哩掺,特別感謝一下<烀小@謇蕖! emapper首先得到注釋...
@Arthur_4525 我可以郵箱你
簡短介紹下如何用GCE確定GWAS閾值GWAS大家都很熟悉了,隨著目前越來越多的重測序文章的發(fā)表避凝,可見如今SNP數(shù)據(jù)是非常的豐富舞萄,以及GWAS也發(fā)展了15年了,如今到了一個(gè)后GWAS時(shí)代管削。GWAS我也做了很多了倒脓,...
GWAS大家都很熟悉了崎弃,隨著目前越來越多的重測序文章的發(fā)表,可見如今SNP數(shù)據(jù)是非常的豐富含潘,以及GWAS也發(fā)展了15年了吊履,如今到了一個(gè)后GWAS時(shí)代。GWAS我也做了很多了调鬓,...
寫于20201114這部分艇炎,我是進(jìn)行了基因組各個(gè)組分的一些統(tǒng)計(jì)。詳細(xì)內(nèi)容如下: 01.DMR和NSR在基因組中各個(gè)組分的占比 02.基因組各個(gè)基因組成分(exon腾窝、intro...
EWAS(Epigenome-Wide Association Study缀踪,表觀基因組關(guān)聯(lián)分析)其實(shí)就是用表觀數(shù)據(jù)進(jìn)行關(guān)聯(lián)分析,目前用的最多的是5mC作為基因型進(jìn)行分析虹脯。目前...
最近在看遺傳數(shù)據(jù)與表達(dá)結(jié)合的東西驴娃,介紹一個(gè)經(jīng)典的方法吧,fusion循集。 Gusev et al. “Integrative approaches for large-scal...
pyGenomeTracks是什么 首先在介紹pyGenomeTracks之前唇敞, 先說幾個(gè)常用的表觀組學(xué)數(shù)據(jù)展示工具,IGV咒彤,UCSC和WashU疆柔。其中大家用的最多的應(yīng)該就是...
安裝所需要的R包 加載所需的R包范咨,并將默認(rèn)主題設(shè)置為theme_bw(),并將圖例放在圖的頂部 創(chuàng)建一些基本圖像: patchwork包水平拼接 垂直布局可以通過向plot_...
之前有一次权旷,我導(dǎo)說“能不能把這些基因按順序畫在果蠅的染色體上”替蛉,因此,我尋找了一些實(shí)現(xiàn)這個(gè)需求的方法炼杖。經(jīng)過一番奇奇怪怪的操作之后灭返,最終用ggplot2畫了。坤邪。熙含。其它方法簡單地...
使用DMR進(jìn)行PCA的主要目的是為了探究亞群中DMR是否存在大的差異怎静,可以將不同亞群分開。因?yàn)槲覀冎繢MR在植物中存在三種類型CG黔衡、CHG和CHH蚓聘,那么我們就需要對(duì)三種甲基...