GWAS大家都很熟悉了脚祟，隨著目前越來越多的重測序文章的發(fā)表饲鄙，可見如今SNP數(shù)據(jù)是非常的豐富，以及GWAS也發(fā)展了15年了圆雁，如今到了一個(gè)后GWAS時(shí)代忍级。
GWAS我也做了很多了，經(jīng)常有朋友問我伪朽，GWAS閾值如何確定的問題轴咱，其實(shí)這個(gè)問題很簡單，基本上都是以Genetic Type I error方法計(jì)算獨(dú)立的SNP即SNP（Me）烈涮，然后以顯著水平除以這個(gè)數(shù)就可以了朴肺。那么問題來了，獨(dú)立的SNP怎么算呢坚洽？下面這個(gè)軟件可以輕松快速上手：
Genetic type 1 E rror C alculator (GEC)是Miao-Xin Li老師寫的軟件戈稿，基于java，無需編譯直接使用酪术，操作很簡單
#軟件支持很多格式器瘪，我以我最常用的plink進(jìn)行展示
java -jar /public/home/hguo/packages/gec/gec.jar -Xmx1g --effect-number --plink-binary gwas_all_chr.filter --genome --out ./leaf
#沒錯(cuò)就這么簡單，這個(gè)軟件會(huì)把SNP 閾值以及SNP（Me）都算出來绘雁，也支持算某些區(qū)域的
基本上就這樣橡疼，五分鐘寫一個(gè)帖子
