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利用orthofinder尋找單拷貝基因構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹 -
祖先狀態(tài)重建—揭示物種性狀的起源與演化我覺得處理任何事情买雾，不僅要做到“知其然”屑宠，還要做到“知其所以然”持偏。在做事情時景鼠，如果僅知道低頭蠻干霞势，不知道抬頭看路油额；只知道跟著“牽牛繩”的方向催植，在鞭子的抽打下前進(jìn)或停止肮蛹，那么最...
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非模式生物重復(fù)序列注釋 RepeatModeler2+RepeatMasker4首先安裝RepeatModeler2,RepeatMasker4建議直接去官網(wǎng)下載勺择，解壓安裝。同時安裝其他包伦忠。安裝流程這里不詳細(xì)介紹了省核，網(wǎng)上有很多。 假設(shè)現(xiàn)在已經(jīng)安裝完畢昆码，并...
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TBtools | 基因家族分析 (進(jìn)化樹气忠、Motifs、結(jié)構(gòu)域)再次體驗一下TBtools的強(qiáng)大赋咽。使用TBtools對基因家族進(jìn)行分析旧噪，進(jìn)化樹、Motifs 脓匿、結(jié)構(gòu)域和基因結(jié)構(gòu)多圖合一淘钟。 一、數(shù)據(jù)準(zhǔn)備 1.基因組組裝結(jié)果fasta格式 2...
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使用clusterProfiler進(jìn)行富集分析clusterProfiler是業(yè)界大神Y叔寫的R包陪毡，看過了它的繪圖就會使人沉迷于其顏值無法自拔米母。本文很多內(nèi)容直接翻譯自官方文檔，加上了我的測試數(shù)據(jù)（還是以果蠅為例）毡琉。 一铁瞒、...
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ggplot2：如何優(yōu)雅地繪制箱線圖數(shù)據(jù)可視化是將數(shù)據(jù)直觀展示出來的一個必不可少的步驟。ggplot2是一個非常常見的繪圖R包桅滋，在文獻(xiàn)中慧耍，我們常常會看見用漂亮箱線圖來展示原始數(shù)據(jù)的分布。這里我們就用一個基因表達(dá)...
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無參轉(zhuǎn)錄組序列組裝 — Trinity轉(zhuǎn)錄組分析策略 轉(zhuǎn)錄組分析策略根據(jù)有無參考轉(zhuǎn)錄組可以分為兩類： 有參比對—定量—差異分析—功能富集分析等 無參組裝—定量—差異分析—功能富集分析等image 無參考轉(zhuǎn)錄組序列...
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轉(zhuǎn)錄組分析實戰(zhàn)第五節(jié)：EdgeR對表達(dá)量矩陣進(jìn)行基因表達(dá)差異分析通過前期的基因定量虱歪，我們通過RSEM或者Kallisto這些工具得到了每個基因或者轉(zhuǎn)錄本的表達(dá)量矩陣蜂绎。輸出的矩陣包含了基因以及在各個樣本中的表達(dá)量信息，這些信息將為我們后期判...
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miRNA-seq小RNA高通量測序pipeline：從raw reads笋鄙，鑒定已知miRNA-預(yù)測新miRNA师枣，到表達(dá)矩陣【一】該教程分為2部分，第2部分在：miRNA-seq小RNA高通量測序pipeline：從raw reads萧落，鑒定已知miRNA-預(yù)測新miRNA践美，到表達(dá)矩陣【二】 因為之前碰到...
