背景篇 在植物基因組中，I類轉(zhuǎn)座因子疯溺，LTR-RT(LTR retrotransposons)是基因組擴(kuò)張的主要原因。完整的LTR長(zhǎng)度在85~5000 bp之間麦备，下圖圖A表示...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：浙江
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LTR_retriever: 一個(gè)更加準(zhǔn)的LTR整合分析工具 -
基因組重復(fù)序列檢測(cè)：RepeatMasker的安裝及使用RepeatMasker是重復(fù)序列檢測(cè)的常用工具，通過(guò)與參考數(shù)據(jù)庫(kù)的相似性比對(duì)來(lái)準(zhǔn)確識(shí)別或屏蔽基因組中的重復(fù)序列，屬于同源預(yù)測(cè)注釋的方式。下文除了RepeatMasker的使...
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RepeatModeler + RepeatMasker
在基因組注釋中第一步就是重復(fù)序列的屏蔽扳剿，目前常用的從頭注釋pipeline就是RepeatModeler + RepeatMasker。 1. 軟件安裝 RepeatMask...
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基因組文章構(gòu)成1.genome survey 數(shù)據(jù)過(guò)濾去除測(cè)序原始數(shù)據(jù)中可能包含低質(zhì)量昼激、接頭污染以及含 N 過(guò)高的 reads NT比對(duì)通過(guò)BLAST對(duì)下機(jī)數(shù)據(jù)過(guò)濾后的有效數(shù)據(jù)進(jìn)行 NT ...
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Fst的計(jì)算原理與實(shí)戰(zhàn)
概念回顧 Fst：群體間遺傳分化指數(shù)，是種群分化和遺傳距離的一種衡量方法锡搜，分化指數(shù)越大橙困，差異越大。適用于亞群體間多樣性的比較耕餐。 用于衡量種群分化程度凡傅，取值從0到1，為0則認(rèn)為...
