背景篇 在植物基因組中，I類轉(zhuǎn)座因子，LTR-RT(LTR retrotransposons)是基因組擴(kuò)張的主要原因。完整的LTR長度在85~5000 bp之間，下圖圖A表示...
RepeatMasker是重復(fù)序列檢測的常用工具，通過與參考數(shù)據(jù)庫的相似性比對來準(zhǔn)確識別或屏蔽基因組中的重復(fù)序列漾狼，屬于同源預(yù)測注釋的方式。下文除了RepeatMasker的使...
在基因組注釋中第一步就是重復(fù)序列的屏蔽戏自，目前常用的從頭注釋pipeline就是RepeatModeler + RepeatMasker邦投。 1. 軟件安裝 RepeatMask...
1.genome survey 數(shù)據(jù)過濾去除測序原始數(shù)據(jù)中可能包含低質(zhì)量借嗽、接頭污染以及含 N 過高的 reads NT比對通過BLAST對下機(jī)數(shù)據(jù)過濾后的有效數(shù)據(jù)進(jìn)行 NT ...
概念回顧 Fst：群體間遺傳分化指數(shù)恶导，是種群分化和遺傳距離的一種衡量方法，分化指數(shù)越大浸须，差異越大惨寿。適用于亞群體間多樣性的比較。 用于衡量種群分化程度删窒，取值從0到1裂垦，為0則認(rèn)為...
一元二次函數(shù)的計算 希望通過簡單的程序計算 x2 + 3x +2 = 0函數(shù)的兩個解。通過終端讀取1, 3, 2參數(shù)肌索，根據(jù)求根公式計算蕉拢，具體的程序如下： 通過Linux終端進(jìn)...
scanf()函數(shù)是格式化讀入屏幕的數(shù)據(jù)，該函數(shù)包含在頭文件stdio.h中驶社，一般形式為：scanf("格式控制字符串", 地址列表)企量；其中地址列表就是使用 & 符號來提取變...
使用語言的過程實(shí)際上就是輸入---處理---輸出，本次主要學(xué)習(xí)標(biāo)準(zhǔn)化輸出printf() 標(biāo)準(zhǔn)化輸出亡电、scanf() 標(biāo)準(zhǔn)化讀入以及進(jìn)一步簡單的控制因素等。 printf()...
計算機(jī)的基礎(chǔ)當(dāng)然是變量在其中的應(yīng)用硅瞧，這樣會將計算過程變的簡單份乒，也會為每個計算的單元提供指向性，每種語言都離不開變量的幫忙腕唧。 計算機(jī)存儲的原理 二進(jìn)制或辖、八進(jìn)制、十六進(jìn)制是計算機(jī)...
C語言第一個程序 hello world.c 長久以來的學(xué)習(xí)者習(xí)慣是每當(dāng)你剛接觸一門語言的時候颂暇，使用程序輸出 “hello world”才是王道！那么我開始用C編寫我的第一個...
C語言初識與應(yīng)用 C語言的起源 C語言是20世紀(jì)70年代由貝爾實(shí)驗(yàn)室開發(fā)并廣為流傳使用的編程語言但惶。起初由于匯編語言難于調(diào)試和修改耳鸯，所以大神們開始設(shè)計更加方便的語言來實(shí)現(xiàn)代碼與...
