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發(fā)簡信
IP屬地：福建
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HiC-Pro: Hi-C數(shù)據(jù)預處理高效工具
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gatk VariantFiltration（Mutect2后）參數(shù)調(diào)整關于vcf文件的學習（所有的需要信息都在頭文件中） FORMAT variants的格式烙无，例如GT:AD:DP:GQ:PL GT:樣品的基因型（genotype） 兩個數(shù)字中...
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劉小澤學習外顯子-三款軟件gatk狼速、muse、varscan的結(jié)果差異劉小澤寫于2020-3-9不涉及軟件的具體使用方法叉钥，重點在于結(jié)果的比較從一個小問題入手不斷探索，也是一種不錯的學習方式 需要先進行預處理步驟——得到BQSR bam 下面的流...
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2020-06-18 GATK4基本概念整理GATK 是 Genome Analysis ToolKit 的縮寫陨仅，是一款從高通量測序數(shù)據(jù)中分析變異信息的軟件壁袄，是目前最主流的snp calling 軟件之一。GATK 設...
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為什么我得到的VCF中Allele Depth（AD）比預期的低好多？（GATK官方解答）疑問： 當我想要通過VCF文件查看一個突變位點的變異reads支持數(shù)時篓像，發(fā)現(xiàn)文件展示的DP (total depth) 和AD (allele depth)的數(shù)量對應不上是咋...
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從reads到SNP-GATK流程（待續(xù)）獲得高質(zhì)量的SNP是進行GWAS分析动知，群體遺傳學分析的前提。GATK是比較流行的call snp方法员辩。另外還有samtools和bcftools結(jié)合的方法盒粮。實際的項目開展根據(jù)...
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GATK：HaplotypeCaller變異檢測本文是閱讀一個做算法的文章，有些收獲和想法奠滑，作為一種記錄我們在使用gatk call snp的時候丹皱，常常使用HaplotypeCaller這個參數(shù)，這個參數(shù)的目的是檢測出用來...
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我寫了一個R包
今天宋税，我開發(fā)的R包摊崭，binmapr，終于上線CRAN了杰赛，也就意味著你可以通過install.packages("binmarp")的方式進行安裝了呢簸。不過這個R包目前估計也就只...
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以水稻為例教你如何使用BSA方法進行遺傳定位（下篇）接著上一篇留下的問題，如何按照以1M為窗口乏屯，每次移動10Kb計算均值根时。我們以KY131是"0/0", 而 "DN422" 是 "1/1"的位點結(jié)果為例，我們來增加這條線 原...
