傳統(tǒng)轉(zhuǎn)錄組的分析想必大家已經(jīng)非常熟悉规婆，無(wú)非是質(zhì)控 -> 比對(duì) -> 組裝 ->定量 -> 差異分析 -> 差異表達(dá)基因功能富集分析這個(gè)套路赊堪。目前公司用的流程主要也有兩個(gè)門(mén)派傲茄，...
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【轉(zhuǎn)錄組學(xué)】如何進(jìn)行一步到位的fastq到差異分析梅忌，kallisto拯救你(一) -
表觀組學(xué)：call peak概念和MACS2算法原理捐康，最簡(jiǎn)明清晰的call peak一文通在諸如：ChIP-seq畦幢、ATAC-seq拙吉、MeRIP-seq(m6A)、Cut&Tag中我們常常聽(tīng)到一個(gè)詞Call Peak糙臼。Call Peak究竟是什么東西庐镐，得到的結(jié)果又...
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生信實(shí)用工具：快速的多線(xiàn)程分割bam文件工具
前言 如果對(duì)較大的bam文件進(jìn)行操作時(shí)恩商，往往相當(dāng)耗時(shí)变逃，所以將一個(gè)很大的bam文件分割為幾個(gè)較小的bam文件，在并行進(jìn)行分析可以大大縮短所需要的時(shí)間怠堪。通常來(lái)說(shuō)分割的方法是用ba...
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文獻(xiàn)分享：從原始數(shù)據(jù)開(kāi)始一步一步分析ATAC-seq
最近在編寫(xiě)全新的ATAC-seq流程揽乱，看到一個(gè)非常好的文獻(xiàn)《From reads to insight: a hitchhiker’s guide to ATAC-seq d...
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生信筆記01：Locus tag轉(zhuǎn)換為Entrez Gene ID
最近在做KEGG富集時(shí)遇到一個(gè)問(wèn)題：phytozome上的數(shù)據(jù)采用的注釋為L(zhǎng)ocus tag，但是kobas3.0并不支持這一類(lèi)型粟矿，如此需要進(jìn)行轉(zhuǎn)換凰棉。如果是常見(jiàn)的模式物種還好...
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【生信實(shí)用工具】通過(guò)GTF進(jìn)行Ensembl gene ID、transcript ID和symbol等互換
在生信分析中常常需要對(duì)各類(lèi)ID進(jìn)行轉(zhuǎn)換陌粹，常見(jiàn)的比如Ensembl的 gene_id "ENSG00000187634" 撒犀， transcript_id "ENST000003...