傳統(tǒng)轉(zhuǎn)錄組的分析想必大家已經(jīng)非常熟悉如迟，無非是質(zhì)控 -> 比對 -> 組裝 ->定量 -> 差異分析 -> 差異表達基因功能富集分析這個套路菜谣。目前公司用的流程主要也有兩個門派孝宗，...
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【轉(zhuǎn)錄組學】如何進行一步到位的fastq到差異分析巡验，kallisto拯救你(一) -
表觀組學：call peak概念和MACS2算法原理怀大，最簡明清晰的call peak一文通在諸如：ChIP-seq肤粱、ATAC-seq捉蚤、MeRIP-seq(m6A)汽纠、Cut&Tag中我們常常聽到一個詞Call Peak卫键。Call Peak究竟是什么東西，得到的結(jié)果又...
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生信實用工具：快速的多線程分割bam文件工具
前言 如果對較大的bam文件進行操作時虱朵，往往相當耗時莉炉，所以將一個很大的bam文件分割為幾個較小的bam文件钓账，在并行進行分析可以大大縮短所需要的時間。通常來說分割的方法是用ba...
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文獻分享：從原始數(shù)據(jù)開始一步一步分析ATAC-seq
最近在編寫全新的ATAC-seq流程絮宁，看到一個非常好的文獻《From reads to insight: a hitchhiker’s guide to ATAC-seq d...
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生信筆記01：Locus tag轉(zhuǎn)換為Entrez Gene ID
最近在做KEGG富集時遇到一個問題：phytozome上的數(shù)據(jù)采用的注釋為Locus tag梆暮，但是kobas3.0并不支持這一類型，如此需要進行轉(zhuǎn)換绍昂。如果是常見的模式物種還好...
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非常實用惕蹄，謝謝大佬分享。
【生信實用工具】通過GTF進行Ensembl gene ID治专、transcript ID和symbol等互換
在生信分析中常常需要對各類ID進行轉(zhuǎn)換卖陵，常見的比如Ensembl的 gene_id "ENSG00000187634" ， transcript_id "ENST000003...
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【生信實用工具】通過GTF進行Ensembl gene ID张峰、transcript ID和symbol等互換
在生信分析中常常需要對各類ID進行轉(zhuǎn)換泪蔫，常見的比如Ensembl的 gene_id "ENSG00000187634" ， transcript_id "ENST000003...
