軟件github：https://github.com/bbuchfink/diamond?tab=readme-ov-file#readme[https://github....
發(fā)簡信
IP屬地：江蘇
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diamond安裝及使用
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MAFFT軟件安裝及使用（Ubuntu）
序列比對軟件（其他類似軟件：muscle, T-Coffee, ClustalW） 軟件網(wǎng)址：https://mafft.cbrc.jp/alignment/software...
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snippy + iqtree進(jìn)行SNP分析及進(jìn)化樹繪制
1糟红、使用snippy流程對多個組裝的結(jié)果進(jìn)行snp分析參考：https://zhuanlan.zhihu.com/p/558110833[https://zhuanlan.z...
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2024-03-01 全基因組circos圖到底怎么畫---使用R包c(diǎn)irclize撕阎。
circos可以說是基因組文章必備的主圖了∈芄現(xiàn)在也有好多教程，先分別探討下個人喜好點(diǎn)虏束。 circos的軟件棉饶。看官網(wǎng)的圖镇匀，是不是非痴赵澹酷炫。但是真正用好汗侵，研究明白會很痛苦幸缕。因?yàn)樗?..
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教你繪制繪制circos圖-簡單！
https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzIyNzIyNTczNA==&mid=2247485874&idx=1&sn=b14a1c0b3a663...
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手把手教你畫Circos圖導(dǎo)讀 Circos是一個由加拿大科學(xué)家Martin Krzywinski利用perl語言開發(fā)的用于描述關(guān)系型數(shù)據(jù)和可視化多維度數(shù)據(jù)的軟件晰韵。Circos憑借輸入簡單发乔，不需要太多...
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PROVEAN安裝（Ubuntu）
官網(wǎng)：http://provean.jcvi.org/index.php[http://provean.jcvi.org/index.php] 1、從README（http:...
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鏈接失效了雪猪，您有保存原文嗎列疗，求分享
在微信公眾號看到一篇有關(guān)PROVEAN的詳細(xì)使用流程
軟件使用總結(jié) | Provean--預(yù)測有害突變最復(fù)雜的軟件[https://mp.weixin.qq.com/s/TfV41JjeLG4Qe3IxFv9DCg]
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純二代測序從頭組裝基因組基因組組裝 基因組組裝一般分為三個層次，contig, scaffold和chromosomes. contig表示從大規(guī)模測序得到的短讀(reads)中找到的一致性序列浪蹂。組...
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DNA濃度計算拷貝數(shù)方法
核酸濃度單位是ng/μL抵栈。平均分子量（MW）：克/摩爾，單位道爾頓（dolton）坤次，即1dolton=1g/moldsDNA=(堿基數(shù))(660道爾頓/堿基) 或 ds...
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Linux下解壓各種壓縮文件（unzip批量解壓縮古劲，tar批量解壓縮）
.zip .rar .gz .tar.gz / .tar / .tar.Z / .bz2 tar批量解壓縮不可使用tar -zxvf *.tar.gz，需逐個解壓
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linux批量修改文件名-rename
Ubuntu系統(tǒng)安裝rename rename 重命名用法 語法rename 's/src/dst/' * *可以匹配任意文件缰猴，可以加限制（*.jpg）产艾，單/雙引號均可...
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Linux系統(tǒng)控制R內(nèi)存使用
使用 GitHub 安裝ulimit，需先安裝devtools 要將 R 的可用內(nèi)存限制為 2000 Mb滑绒，請調(diào)用: 現(xiàn)在:
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conda中的R安裝devtools包（Ubuntu）
運(yùn)行安裝在conda中的R闷堡，安裝devtools時報錯 安裝缺少的依賴包install.packages("systemfonts")報錯 主要問題是：ft_cache.h:...
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conda中的R安裝xml2包（Ubuntu）
miniconda3中R安裝xml2報錯：（安裝do包時發(fā)現(xiàn)缺少xml2和rvest包，單獨(dú)安裝xml2發(fā)現(xiàn)以下問題疑故，libxml2及l(fā)ibxml2-dev安裝后發(fā)現(xiàn)rves...
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conda使用R語言--安裝（Ubuntu）
在conda中使用R語言可以避免很多問題杠览，更方便，特別是在無root權(quán)限時 首先下載miniconda纵势，https://docs.conda.io/projects/mini...
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我這邊沒有用分組文件踱阿，直接在命令行里輸入的分組信息
ggplot2繪制堆積柱狀圖
R語言用ggplot2繪制堆積柱狀圖遇到的問題（y軸順序管钳、facet_wrap分面順序）- 需要將名稱因子化 1、用ggplot2繪制菌的堆積柱狀圖時软舌，y軸的順序是按照菌屬的...
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Edit-Setting-Graphing options里面修改
Canoco5繪制PCA圖時做對象分類
Canoco 5設(shè)置多邊形和橢圓形的步驟:1)進(jìn)行排序分析后才漆，先對物種（或樣方）進(jìn)行分類： 菜單欄Project-Classifications，（注意一定要所有的物種或樣方...