最近處理的幾組數(shù)據(jù)使我感覺到生信軟件的教程一定要看最新的或官方的江兢，因?yàn)楝F(xiàn)在的技術(shù)和方法發(fā)展太快了秽之，軟件更新?lián)Q代也非炒烫遥快躁愿，每一個(gè)版本都可能有細(xì)微的區(qū)別寇甸，網(wǎng)上找到的幾年前的教程可...
IP屬地：浙江
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bam文件過濾和去重復(fù)
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Seurat 3.0 實(shí)例教程Seurat 指導(dǎo)聚類教程 參照官網(wǎng)教程 用了自己的一批真實(shí)的數(shù)據(jù)署尤，總共有7038個(gè)細(xì)胞蝶锋。以下是cellranger count跑出來的標(biāo)準(zhǔn)結(jié)果挑庶。 我們從讀取數(shù)據(jù)開始言秸。Rea...
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cutadapt用法案例詳細(xì)的教程官方已經(jīng)給出。這里記錄自己常用的方法： 安裝方法：用Python3安裝就可以使用多核參數(shù)迎捺。sudo python3 -m pip install --user --...
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下載bioconductor的包掉坑總結(jié)
下載bioconductor的包一直用的是三部曲策略举畸，但是最近問題不斷，才知道人家已經(jīng)更新?lián)Q代了凳枝，現(xiàn)在只需要兩步就可以了抄沮，而且在這個(gè)出坑的同時(shí)也發(fā)現(xiàn)在bioconductor...
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ChIP-Seq數(shù)據(jù)挖掘系列-2: Motif 分析(2) - HOMER Motif 分析基本步驟在基因組調(diào)控元件分析中，HOMER 可以用于發(fā)現(xiàn)新的motif。HOMER 通過比較兩個(gè)序列集叛买，再使用ZOOPS scoring (zero or one occurrenc...
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GOplot 可視化基因富集分析結(jié)果GOplot 包通過封裝好的函數(shù)可視化基因功能分析結(jié)果砂代。 #1. 安裝 #2. GOplot 內(nèi)置數(shù)據(jù) ##2.1 腦和心臟內(nèi)皮細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù) 來自文章Nolan et a...
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實(shí)驗(yàn)記錄2：Cellranger整理fastq數(shù)據(jù)為表達(dá)矩陣在分析單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序數(shù)據(jù)前，我們需要將原始的fastq測(cè)序文件轉(zhuǎn)化成我們可讀的數(shù)據(jù)率挣，最好的方法是將數(shù)據(jù)整理為基因-細(xì)胞表達(dá)矩陣刻伊，如此一來后續(xù)的分析就能夠直接讀取到某細(xì)胞的某...
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ChIP-Seq數(shù)據(jù)挖掘系列-1: Motif 分析(1) - HOMER 安裝
HOMER 是一套用于Motif查找和二代數(shù)據(jù)分析的工具。HOMER 中的工具是使用Perl 和C++編寫的难礼，適用于unix操作系統(tǒng)娃圆。基于motif尋找的算法蛾茉，HOMER 適...
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【Bioconductor系列】如何用Bioconductor對(duì)基因組注釋
這一次讼呢，我們來聊聊基因組注釋。首先問自己一個(gè)問題谦炬，為什么要進(jìn)行基因注釋悦屏。就我目前而言，它用來解決如下問題： 在mapping-by-sequencing的時(shí)候键思，我找到了一些可...
