在單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析中辕录，在確定細(xì)胞類型后，除了可以進(jìn)行差異表達(dá)基因分析外梢卸，還可以針對單個細(xì)胞類型進(jìn)行分析特定分析走诞，這時就需要我們提取細(xì)胞子集分開處理了。 一蛤高、Seurat數(shù)據(jù)格式...
發(fā)簡信
IP屬地：猶他州
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Seurat取子集時會用到的函數(shù)和方法 -
docker | 生物信息實踐中 docker 常用命令寫在前面 前述介紹了如何在「Windows」下安裝 WSL2+Docker蚣旱。類似的操作碑幅，可以更為簡單的在 MacOS 或者 Linux 下實現(xiàn)。一切目的塞绿，我們要的就是「使用 ...
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R語言: ERROR: dependency ‘XXXX’ is not available for package ‘YYYY’PS：也適用于找不到包的情況枕赵，不僅僅是依賴...最近整合了團隊的幾部機器，做成了小集群位隶，于是很多計算環(huán)境重新部署拷窜。這兩天有個項目需要返工，發(fā)現(xiàn)之前流程代碼無法正常運行涧黄±好粒基于報...
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點點點，KEGG Pathway 通路富集分析寫在前面 前段時間笋妥，推過兩個教程懊昨，分別是：1.《零基礎(chǔ)快速完成基因功能注釋 / GO / KEGG / PFAM...》2.《「GO富集分析」從原理到實踐 ~ 零基礎(chǔ)掌握》 ...
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隨筆 | 做一個“有情懷”的人 - 關(guān)于軟件開發(fā)和日常瑣事
想來想去春宣，倒是可以記錄一下最近的一些事件和思考酵颁。 刪了一行代碼，功能加速 100 倍 寫代碼也有好幾年了月帝，盡管是業(yè)余工作躏惋，但多少還是有一些提升。肉眼可見的是嚷辅，開發(fā)速度明顯下降...
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2020-01-24 【轉(zhuǎn)錄組】四簿姨、 samtools 轉(zhuǎn)換及排序命令格式: samtools view -Sb input.sam > output.bam # -S 輸入格式為sam，-b 輸出格式為bam 轉(zhuǎn)換成bam格式...
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教程 | 可視化 多組 基因差異表達(dá)分析 結(jié)果寫在前面 最近做了一些轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析簸搞。想想扁位，上一次這么精細(xì)地分析轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)，都是三五年前的事情趁俊。整個實驗設(shè)計是一個器官的不同發(fā)育階段域仇。按照最傳統(tǒng)的做法，不同階段寺擂，兩兩間進(jìn)行差...
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學(xué)好統(tǒng)計暇务，我10分鐘就完成了別人服務(wù)器通宵才完成的分析果子老師做過一個非常驚人的舉動，用DESeq2處理1225例樣本的TCGA數(shù)據(jù)沽讹，在沒有使用DESeq多線程參數(shù)parallel的情況下般卑，跑了將近40個小時。 那么問題來了爽雄，在...
