分子層面對生物的研究铐尚，在個體水平上主要是看單個基因的變化以及全轉(zhuǎn)錄本的變化（RNA-seq）；在對個體的研究的基礎(chǔ)上矛市，開始了群體水平的研究。如果說常規(guī)的遺傳學(xué)主要的研究對象是...
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群體遺傳學(xué)與重測序分析 -
Tajima's D 中性檢測的指標(biāo)
Tajima's D - Wikipedia[https://en.wikipedia.org/wiki/Tajima%27s_D] Tajima's D是由日本研究員田田文...
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構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)生樹之軟件集錦（更新于2021.01.22）
2020.01.22更新內(nèi)容诲祸，補充了堿基替換模型軟件和貝葉斯樹軟件浊吏。 序言：一點筆記整理，希望對看到的同學(xué)救氯，老師有所幫助找田！ 1.復(fù)雜的網(wǎng)絡(luò)狀進化樹 splittree （1）...
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2018-11-01GWAS實戰(zhàn)（四）plink 進階之?dāng)?shù)據(jù)過濾數(shù)據(jù)好不好，影響到結(jié)果的準(zhǔn)確性着憨，所以我們要來對數(shù)據(jù)進行過濾墩衙，過濾前，我們應(yīng)該對數(shù)據(jù)的部分特征進行統(tǒng)計描述甲抖，以此為依據(jù)來進行過濾漆改。 這里介紹的幾個指標(biāo)：1.individual...
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linux 輸入重定向
What is Redirection? Redirection is a feature in Linux such that when executing a comma...
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利用conda創(chuàng)建QIIME2虛擬環(huán)境
[參考網(wǎng)址](https://docs.qiime2.org/2019.10/install/native/#install-qiime-2-within-a-conda-e...
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linux之du、df先說下背景准谚，各種數(shù)據(jù)越來越多挫剑，資源緊張，需要清理不必要數(shù)據(jù)當(dāng)然啦柱衔，就需查看資源占用情況樊破，必不可少需要使用兩個命令du愉棱、df df 檢查linux服務(wù)器的文件系統(tǒng)的磁盤空間占...
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Installing SNPhylo on Linux
這里不寫SNPhylo具體安裝過程，官網(wǎng)有詳細教程,主要談遇到問題及解決思路捶码。 問題是羽氮，給出R package 安裝目錄那一步，無論是給出安裝目錄（R中利用library可調(diào)...
