感謝各位簡(jiǎn)友一直的關(guān)注。 請(qǐng)關(guān)注：感謝陪伴[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzg4MjY2NTA2Nw==&mid=2247483891&...
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生存分析（一）-- 生存分析基礎(chǔ) -
OMIM 數(shù)據(jù)庫(kù)詳細(xì)介紹1 OMIM數(shù)據(jù)庫(kù)基礎(chǔ)介紹 1.1 基礎(chǔ)介紹 OMIM數(shù)據(jù)庫(kù)秃臣，OMIM 為“0nline Mendelian Inheritance in Man”的簡(jiǎn)稱梳毙，人類在線孟德爾遺傳...
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2021-評(píng)估不同軟件組合檢測(cè)ONT數(shù)據(jù)中g(shù)ermline SV的表現(xiàn)
1.Bolognini, D. & Magi, A. Evaluation of Germline Structural Variant Calling Methods fo...
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CRISPR簡(jiǎn)述CRISPR簡(jiǎn)述 歷史發(fā)展 目前已有的基因編輯技術(shù) （1）鋅指核酸內(nèi)切酶(zinc finger endonuclease，ZFN)：是第一代人工核酸內(nèi)切酶 鋅指是一類能夠結(jié)...
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也許是得到的是空值般婆，返回的結(jié)果不能轉(zhuǎn)換成string.
htslib 的使用( C++ 處理BAM文件）
背景 在處理NGS 數(shù)據(jù)時(shí)到腥，尤其是突變的檢測(cè)。我們需要對(duì)bam 文件進(jìn)行讀寫蔚袍。 目前有相對(duì)方便的庫(kù) pysam 和 htsjdk 乡范，這兩個(gè)庫(kù)提供的api 可以方便python...
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從參考基因組快速讀取指定序列
介紹 faidx 是FASTA 和 FASTQ 文件的隨機(jī)讀取索引。 描述 fai index 一般以文件名增加.fai 后綴啤咽，作為文件的名稱晋辆。 fasta 文件 fai i...
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NGS Mapping 軟件 Bowtie 算法介紹簡(jiǎn)介 Bowtie是目前流行的一款DNA、RNA 序列比對(duì)軟件宇整，開源免費(fèi)瓶佳。Bowtie的技術(shù)路線基于BWT-FM。BWT-FM 法對(duì)內(nèi)存的消耗很小鳞青，被很多工具采用霸饲。但是當(dāng)序列...
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NGS 數(shù)據(jù)mapping 算法簡(jiǎn)介
簡(jiǎn)介 取得測(cè)序序列信息后，在有參考基因的情況下我們通過Mapping 到參考基因組進(jìn)行后續(xù)分析臂拓；沒有則重頭拼接序列厚脉。 一般而言，基因組的組裝將比read alignment ...
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iterm2記住帳號(hào)密碼一鍵登錄遠(yuǎn)程服務(wù)器目的：快速一鍵登錄遠(yuǎn)程服務(wù)器胶惰。 1. 先創(chuàng)建一個(gè)腳本待用（ssh登錄騰訊云舉例） 2. 配置iterm2傻工，菜單欄選擇profiles --> Open Profiles（快...
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htslib 的使用( C++ 處理BAM文件）
背景 在處理NGS 數(shù)據(jù)時(shí)，尤其是突變的檢測(cè)孵滞。我們需要對(duì)bam 文件進(jìn)行讀寫精钮。 目前有相對(duì)方便的庫(kù) pysam 和 htsjdk ，這兩個(gè)庫(kù)提供的api 可以方便python...
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NGS 中 DNA?damage?的鑒別背景 這是一篇文獻(xiàn)（DNA damage is a major cause of sequencing errors, directly confounding varian...
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IGV 自定義Reads 顏色目的 IGV 經(jīng)常被用于可視化檢查NGS測(cè)序數(shù)據(jù)剃斧，尤其提供給人直觀的突變信息轨香，大量應(yīng)用于腫瘤診斷行業(yè)以及NGS的科研領(lǐng)域中。 在腫瘤診斷領(lǐng)域幼东，對(duì)自動(dòng)化檢查出來的突變臂容，進(jìn)行IG...
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基因組學(xué)中的深度學(xué)習(xí)全文6,743字科雳，閱讀30分鐘。 這一篇文章的主題是深度學(xué)習(xí)在基因組學(xué)中的應(yīng)用情況的脓杉。文章較長(zhǎng)糟秘，讀完要花些時(shí)間，不過我的建議是通讀第一部分——關(guān)于如何進(jìn)行模型訓(xùn)練的內(nèi)容球散，讀完...
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Pysam BAM操作SAM/BAM/CRAM files class pysam.AlignmentFile filepath_or_object 既可以是 文件路徑尿赚，也可以是文件對(duì)象； 如果輸...
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Python replace 函數(shù)增加正則支持
Python 的 replace 方法沒有正則功能蕉堰，所以對(duì)字符串的替換有局限凌净。 re 模塊的 re.sub 可以利用正則進(jìn)行字符替換，但是使用比較麻煩屋讶，字符串多次替換顯得笨...
