doubletfinder在去年11月的更新中就已經(jīng)去除了_v3系列的函數(shù)妆兑，以后都不支持seurat的v3，v4的數(shù)據(jù)格式徙邻。各位看客為了方便還是使用scdbfinder吧
單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析筆記3: 雙細(xì)胞去除（DoubletFinder, scDblFinder)雙細(xì)胞是指由于實(shí)驗(yàn)原因，在單細(xì)胞微流控等流程中某個(gè)液滴中含有2個(gè)及以上的細(xì)胞畸裳，而在同一個(gè)液滴中的細(xì)胞在后續(xù)分析中帶有相同的Cell Barcode缰犁，從而會(huì)被認(rèn)為是一個(gè)細(xì)胞的偽...
Warning message:
In CheckDuplicateCellNames(object.list = objects) :
Some cell names are duplicated across objects provided. Renaming to enforce unique cell names.
這個(gè)問(wèn)題咋解決？你好像沒(méi)有處理
2021-05-26 單細(xì)胞分析之harmony與Seurat參考：生信會(huì)客廳 harmony原理 Harmony需要輸入低維空間的坐標(biāo)值（embedding）怖糊，一般使用PCA的降維結(jié)果帅容。Harmony導(dǎo)入PCA的降維數(shù)據(jù)后，會(huì)采用so...
原文獻(xiàn)是ssgsea的文獻(xiàn)嗎蓬抄？我找不到4.2的【##讀取已經(jīng)下載好的免疫細(xì)胞和對(duì)應(yīng)基因列表丰嘉，來(lái)源見(jiàn)文獻(xiàn)附件】
復(fù)現(xiàn)詳解：純R代碼實(shí)現(xiàn)ssGSEA算法評(píng)估腫瘤免疫浸潤(rùn)程度一 . 從GEO數(shù)據(jù)庫(kù)中下載表達(dá)矩陣文件 GSE112996_merged_fpkm_table.txtGSE112996_series_matrix.txt，把GSE112...
1嚷缭、GWAS 流程 image.png數(shù)據(jù)質(zhì)控? 1）按分型百分比條件過(guò)濾饮亏，多數(shù)文章剔除缺失率在20%以上的位點(diǎn)，樣本量較大的群體中阅爽，可以將缺失率小于50%的位點(diǎn)都保留路幸；? ...
