每次加載gtf文件時(shí)自動(dòng)閃退是什么問題呢曙博，（gtf文件已經(jīng)sort并且沒有提前建立索引）
IGV展示gff文件1. 加載基因組文件 Genomes??Load Genome from File??點(diǎn)擊自己的基因組 2.加載gtf/gff文件 2.1. Tools??Run igvto...
IP屬地：湖北
-
-
你好匪煌，請問你現(xiàn)在可視化的應(yīng)該是reads在基因結(jié)構(gòu)的分布情況吧鳍侣，那怎么可視化call peak后的peaks在基因結(jié)構(gòu)上的分布呢
deeptools可視化
ref1：deeptools輔助CHIP-seq數(shù)據(jù)分析-可視化 | 生信菜鳥團(tuán) ref2：如何使用deeptools處理BAM數(shù)據(jù) - 生信技能樹 ref3：The too...
-
ATAC-seq數(shù)據(jù)可視化——超簡單教程
大家好這里是有時(shí)候季更挽拔，有時(shí)候月更的基因組學(xué)研究生。上一期記錄了ATAC數(shù)據(jù)從Fastq數(shù)據(jù)到bam文件的處理腳本克握。 ATAC數(shù)據(jù)一鍵處理基因組學(xué)研究生蕾管，公眾號(hào)：基因組學(xué)研究...
-
@Bioinfo魚 --perGroup參數(shù)之前我也使用了，繪制的結(jié)果圖兩個(gè)重復(fù)雖然可以在一個(gè)圖里了菩暗，但我想要的是兩個(gè)重復(fù)數(shù)據(jù)合并掰曾，最終只呈現(xiàn)一條曲線⊙校或者你在分析流程中是怎么處理重復(fù)數(shù)據(jù)的婴梧，再次麻煩您。
生信 | ATAC-Seq基礎(chǔ)分析+高級(jí)分析+多組學(xué)分析
寫在前面 其實(shí)很多作者已經(jīng)探索的差不多了客蹋，相關(guān)腳本、教程也很多孽江，但我還是自己系統(tǒng)的總結(jié)一下吧讶坯。有時(shí)候感覺是浪費(fèi)時(shí)間，但是在寫的時(shí)候能發(fā)現(xiàn)并學(xué)習(xí)到很多新的知識(shí)岗屏，不斷記錄反思辆琅，也...
-
@Bioinfo魚 可以具體說下用的什么參數(shù)嗎，是在computeMatrix中合并還是在plotprofile畫圖的時(shí)候合并呢 謝謝
生信 | ATAC-Seq基礎(chǔ)分析+高級(jí)分析+多組學(xué)分析
寫在前面 其實(shí)很多作者已經(jīng)探索的差不多了这刷，相關(guān)腳本婉烟、教程也很多，但我還是自己系統(tǒng)的總結(jié)一下吧暇屋。有時(shí)候感覺是浪費(fèi)時(shí)間似袁，但是在寫的時(shí)候能發(fā)現(xiàn)并學(xué)習(xí)到很多新的知識(shí)，不斷記錄反思，也...
-
你好，請問進(jìn)行TSS可視化的時(shí)候有多個(gè)bw重復(fù)文件啼县，結(jié)果圖能把重復(fù)合并嗎
生信 | ATAC-Seq基礎(chǔ)分析+高級(jí)分析+多組學(xué)分析
寫在前面 其實(shí)很多作者已經(jīng)探索的差不多了材原，相關(guān)腳本、教程也很多季眷，但我還是自己系統(tǒng)的總結(jié)一下吧余蟹。有時(shí)候感覺是浪費(fèi)時(shí)間，但是在寫的時(shí)候能發(fā)現(xiàn)并學(xué)習(xí)到很多新的知識(shí)瘟裸，不斷記錄反思客叉，也...
-
樓主你好，請問我輸入多個(gè)bw文件话告，最后能得到一張圖里只有一條線而不是多條線嗎
deepTools 使用指南
deepTools 是一套基于python開發(fā)的工具兼搏，適用于有效處理分析高通量測序數(shù)據(jù)，可用于ChIP-seq, RNA-seq 或 MNase-seq沙郭。 #1. deepT...
-
筆記：rmats繪圖結(jié)果怎么看rmats是一款比較好的分析可變剪切的分析軟件佛呻，將rmats分析的結(jié)果，利用rmats2sashimiplot繪畫出的圖也是比較漂亮的病线， 可變剪切事件： 可變剪切事件可以分為...
-
ggplot2超詳細(xì)講解一.基本概念 "一張統(tǒng)計(jì)圖形就是從數(shù)據(jù)到幾何對象(geometric object, 縮寫為geom, 包括點(diǎn)吓著、線、條形等)的圖形屬性(aesthetic attribute...
-
中科院碩博生一枚，用簡書來記錄自己精讀paper和學(xué)習(xí)生信的過程惕耕。
-
[基因組學(xué)]使用biomaRt做水稻ID轉(zhuǎn)換及相關(guān)信息的填充
水稻的基因號(hào)大致分為兩類纺裁，一類是RAP號(hào)，格式為“Os-Chr-g-number”司澎，另一類是MSU號(hào)欺缘，格式為“LOC_Os-Chr-g-number”。平時(shí)做各種分析時(shí)挤安，需要...
