1顷链、runGenie3 太慢；胍鳌！火窒！ 這個(gè)博主（ SCENIC單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄因子分析 - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)[http://www.reibang.com/p/bd...
IP屬地：重慶
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轉(zhuǎn)錄因子預(yù)測(cè)-4分析過(guò)程中需要注意的問(wèn)題 -
生信 | 生信人搭建數(shù)據(jù)庫(kù)的學(xué)習(xí)流程
寫在前面 目前各種組學(xué)培訓(xùn)開(kāi)展的如火如荼，卻鮮有生物信息學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)搭建的相關(guān)教程和學(xué)習(xí)流程晦毙。原因有以下幾個(gè)： 1.學(xué)習(xí)數(shù)據(jù)庫(kù)的搭建付出多来惧，回報(bào)少。有這功夫應(yīng)該可以把大部分組學(xué)知...
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CR-單細(xì)胞水平研究人類睪丸細(xì)胞圖譜??這篇文章算是比較中規(guī)中矩的單細(xì)胞研究某一器官圖譜的文章形式心例，文章的亮點(diǎn)主要包括1）通過(guò)scRNA-seq分析定義新生兒和成人睪丸細(xì)胞亞群宵凌；2）新生兒包含原始生殖細(xì)胞和SS...
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簡(jiǎn)簡(jiǎn)單單的韋恩圖
rm(list=ls())library(ggplot2)library(ggvenn)library(paletteer) if(!require(paletteer))i...
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單細(xì)胞ATAC技術(shù)出現(xiàn)使得ATAC精確到細(xì)胞級(jí)別
第一個(gè)單細(xì)胞ATAC數(shù)據(jù)是2015年由Greenleaf(Buenrostro, Wu et al. 2015)和Shendure(Cusanovich, Daza et a...
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R - 快捷繪制韋恩圖，基于ggvenn感謝各位簡(jiǎn)友一直的關(guān)注止后。 歡迎關(guān)注：感謝陪伴[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzg4MjY2NTA2Nw==&mid=2247483981...
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玩轉(zhuǎn)complexheatmap
本系列是對(duì)ComplexeHeatmap包的學(xué)習(xí)筆記瞎惫，部分內(nèi)容根據(jù)自己的理解有適當(dāng)?shù)母膭?dòng)，但總體不影響原文译株。如有不明之處瓜喇，以原文為準(zhǔn)。原文請(qǐng)見(jiàn)：https://jokergo...
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分享一篇前輩的生信感悟
27歲這一年歉糜，我開(kāi)始學(xué)生信2017年乘寒，碩士入學(xué)，雖然當(dāng)時(shí)月薪3000匪补，我花了2000左右伞辛，在丁香園買了個(gè)科研課程中，雖然什么都沒(méi)學(xué)會(huì)夯缺，但是邂逅了“生物信息學(xué)”和“R語(yǔ)言”這兩...
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說(shuō)說(shuō)自己的生信路
22歲這一年蚤氏，我開(kāi)始學(xué)生信2022年，躊躇滿志的我考研上岸踊兜，滿心歡喜的即將開(kāi)始自己的實(shí)驗(yàn)之旅竿滨，然后就沒(méi)有然后了在老師一句話下，懵懂無(wú)知的我開(kāi)始了生信這條路润文。在中山學(xué)習(xí)的日子里...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)挖掘分析思路單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)挖掘分析思路 1）細(xì)胞鑒定 對(duì)于單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組第一步也是最最重要的一步就是細(xì)胞鑒定姐呐，分析結(jié)果中的細(xì)胞聚類結(jié)果cluster0、cluster1典蝌，……cluste...
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airwayR包報(bào)錯(cuò)
本來(lái)做chip-seq的時(shí)候曙砂，需要下載所有依賴R包 但是在下載airway這個(gè)包的時(shí)候出現(xiàn)了報(bào)錯(cuò)error reading from connection 原因如下（） op...
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常見(jiàn)的組蛋白甲基化、乙蹩ハ疲化
1鸠澈、H3K27ac 1.1柱告、賴氨酸的乙酰化與去乙跣Τ拢化 1.2际度、與H3K4me1的平衡 1.3、基因上調(diào) 2涵妥、H3K27me3 2.1 機(jī)制與功能 2.2 與其他修飾的關(guān)系 H...
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了解一下motif的基本概念
motif（模體）這個(gè)概念很早就被提出乖菱，而首次系統(tǒng)化描述這個(gè)概念內(nèi)容的文章是在2002年，發(fā)表于Science期刊上蓬网。在這篇文章中窒所，motif被定義為：在復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)中某種連接模...
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Chip-seq和ATAC-seq的區(qū)別為了找到開(kāi)放染色質(zhì)區(qū)，基因組被TN5轉(zhuǎn)座酶處理帆锋。在ATAC-Seq中吵取，修飾后的TN5將與NextEra接頭相對(duì)應(yīng)的DNA序列插入到基因組的開(kāi)放區(qū)域，同時(shí)锯厢，DNA被轉(zhuǎn)座酶的活性...
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繪制顏值杠杠的云雨圖
R包下載與載入： library(remotes)remotes::install_github('jorvlan/raincloudplots')library(rainc...
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轉(zhuǎn)座子的注釋（包含工具）轉(zhuǎn)座子序列的注釋（工具介紹） 關(guān)于TE的信息被編目為三種類型的存儲(chǔ)庫(kù)：以TE為中心(TE-centric)皮官，以基因組為中心(genome-centric) 和以多態(tài)性為中心(...
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早期人類胚胎發(fā)育:囊胚形成到原腸胚形成
Early human embryonic development: Blastocyst formation to gastrulation 早期人類胚胎發(fā)育:囊胚形成到原...
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CuratedAtlasQueryR-一個(gè)輕松解決人體組織之間不同細(xì)胞的R包對(duì)R包的介紹：這篇博文是由生物導(dǎo)體社區(qū)經(jīng)理Maria Doyle和CuratedAtlasQueryR的首席開(kāi)發(fā)人員Stefano Mangiola共同撰寫的。 我們很高興宣...