導讀 使用 HUMAnN2（The HMP Unified Metabolic Analysis Network 2）進行宏基因組學分析拆祈。 HUMAnN2 在宏基因組研究中非...
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HUMAnN2 宏基因組分析 | 小白版 -
@86782b1712c8 你好放接。你搜索一下“markdown 代碼”
R使用筆記：相關(guān)系數(shù):cor.test();corr.test();rcorr()
本次筆記內(nèi)容：cor.test()和cor()rcorr() {Hmisc}corr.test() {psych}spearmanCI() {spearmanCI} spea...
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@一條生物狗 你好瞳抓。我覺得如果一定要使用corr,那應該還是得矯正的埃疫。但是這么大的數(shù)據(jù)，我對correlation是否能夠很好的描述他們的關(guān)系感到懷疑=_= 你要不要考慮先降維孩哑，然后再看維度之間的關(guān)系...?
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jupyter在使用conda創(chuàng)建虛擬環(huán)境后使用時遇到的問題我是在conda中創(chuàng)建了一個虛擬環(huán)境jupyter_notebook但是在jupyter中查看使用時并不是這個虛擬環(huán)境栓霜，然后就去查資料，連接conda和jupyter的有兩三...
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@煙塵花鎖眉 你好横蜒。我建議你可以不要+1胳蛮，而是+一個很小的數(shù)，比方說0.0001什么的丛晌，就不至于出現(xiàn)0的情況仅炊。我做16S是這樣的，不知道是否適合澎蛛，你可以試試抚垄。
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@煙塵花鎖眉 我不是老師。不客氣。
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@煙塵花鎖眉 另外我剛剛請教了同事：需要標準化的理由大致可能是
“a core challenge is the small number of samples in typical HTS experiments – often as few as two or three replicates per condition. Inferential methods that treat each gene separately suffer here from lack of power, due to the high uncertainty of within-group variance estimates. ”
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https://doi.org/10.1186/s13059-014-0550-8R使用筆記：相關(guān)系數(shù):cor.test();corr.test();rcorr()
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@煙塵花鎖眉 您好呆馁。如果是原始的基因表達矩陣桐经，那應該是需要一個類似標準化的操作。像16S里OTU table的relative abundance那樣浙滤。但是具體用哪一種阴挣，可能要根據(jù)你自己的數(shù)據(jù)來確定。這個我了解不多了瓷叫。
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參考鏈接：https://blog.csdn.net/dengjc2011/article/details/89353173[https://blog.csdn.net/de...
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@Nimo和他的小丑魚 您好。corr.test的結(jié)果（文章中的示例是cortest_psy_sdj）不是一個matrix或者dataframe煮寡。在這個文章里用$將其p值和r提取了出來虹蓄。你可以用$p, $r 或者[['p']] [['r']] , 這樣出來才是dataframe
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個人介紹
成立于2016年7月婴梧，趙國屏生物信息實驗室目前主要從事人群微生物組，微生物基因組進化和臨床微生物流行病學的生物信息學分析客蹋，包括基因組數(shù)據(jù)的管理塞蹭、基因組的比較和進化分析、微生物組數(shù)據(jù)的機器學習和微生物流行病學模型的應用讶坯。