Dada 2 流程 DADA2數(shù)據(jù)處理不以序列相似度聚類笋额，只進行去重（或相當于以100%序列相似度聚類）汹忠，生成的是以ASV為單元的表格殉摔；Vsearch數(shù)據(jù)處理與Usearch...
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Qiime2 (三)-DADA2降噪（Denoise）流程 -
R: adonis進行permannovaadonis文檔：https://www.rdocumentation.org/packages/vegan/versions/2.4-2/topics/adonis[htt...
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通過ggplot2中stat_summary函數(shù)快速進行數(shù)據(jù)統(tǒng)計如何靈活唯咬，快速地可視化置信區(qū)間、標準誤差以及變量的均值和中位數(shù) 本節(jié)將詳細介紹stat_summary函數(shù)的應(yīng)用,喜歡的小伙伴可以關(guān)注我的公眾號R語言數(shù)據(jù)分析指南[https...
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基于GO-Figure快速繪制GO富集氣泡圖
GO-Figure! 是一個基于pyhton寫的GO富集小軟件，方便我們拿到富集結(jié)果后直接使用命令行的形式進行可視化，繪制出具有靈活性祠丝、可重復(fù)性的圖形疾呻，且可基于最新的GO數(shù)據(jù)...
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利用massdatabase包提取物種KEGG通路與基因/化合物對應(yīng)信息
最近手頭處理一批代謝組數(shù)據(jù), 想基于幾十個關(guān)鍵差異代謝物代謝物進行下KEGG富集，能想到有兩種方式解決写半，一種常用方式就是基于MetaboAnalyst在線富集岸蜗，另一種就是解析...
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利用abbrevr包批量輸出期刊縮寫有時候用endnote導(dǎo)入文獻后顯示的是期刊全稱，而用到縮寫時候就需要去一些網(wǎng)站上一個個搜索叠蝇，比如CASSI[https://cassi.cas.org/search.jsp...
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R語言繪制組間比較散點圖并自動添加P值信息
查詢ggprism包使用時候發(fā)現(xiàn)官網(wǎng)給出的一示例圖比較常用璃岳，這里記錄學(xué)習(xí)一下。 加載R包準備數(shù)據(jù) 注意兩個細節(jié)： tools::toTitleCase可以替換字符中每個單詞的...
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宏基因組之基因豐度計算目前有兩種方式可計算宏基因組基因的豐度蟆肆，一種是基于比對，比如bwa,bowtie,soapaligner等主流的比對軟件晦款，另一種是不比對快速估計基因豐度炎功，可以用近倆年來流行的...
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分析菌群基因水平轉(zhuǎn)移的信息學(xué)工具-MetaCHIP文章介紹 1| 標題：MetaCHIP: community-level horizontal gene transfer identification through th...
