之前寫(xiě)的的CHIP-seq和RNA-seq很多練習(xí)的數(shù)據(jù)都是從GEO數(shù)據(jù)庫(kù)下載的。但是從來(lái)沒(méi)有細(xì)致的了解過(guò)GEO這個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)拌阴。趁著還沒(méi)復(fù)工，再多學(xué)一點(diǎn)新知識(shí)~這次的筆記是生信技...
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GEO數(shù)據(jù)庫(kù)視頻學(xué)習(xí)筆記（芯片數(shù)據(jù)下載和數(shù)據(jù)讀妊恋恪） -
GEO數(shù)據(jù)庫(kù)視頻學(xué)習(xí)筆記（差異分析迟赃、可視化陪拘、GSEA）筆記回顧：1.GEO數(shù)據(jù)庫(kù)視頻學(xué)習(xí)筆記（芯片數(shù)據(jù)下載和數(shù)據(jù)讀取）2.GEO數(shù)據(jù)庫(kù)視頻學(xué)習(xí)筆記（ID轉(zhuǎn)換）3.GEO數(shù)據(jù)庫(kù)視頻學(xué)習(xí)筆記（了解你的表達(dá)矩陣） 這一講的視頻地址是：...
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零代碼——使用GEO2R進(jìn)行差異分析本文首發(fā)于“生信大碗”公眾號(hào)左刽，轉(zhuǎn)載請(qǐng)注明出處 今天要給大家分享一個(gè)實(shí)用的差異分析工具——GEO2R。不需要語(yǔ)言基礎(chǔ)酌媒，直接點(diǎn)點(diǎn)點(diǎn)就可以完成欠痴。 GEO2R是GEO數(shù)據(jù)庫(kù)中的一個(gè)在...
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總結(jié)GEO數(shù)據(jù)下載問(wèn)題及GEO2R數(shù)據(jù)分析學(xué)習(xí)一秒咨、數(shù)據(jù)下載 官網(wǎng)——搜索并點(diǎn)擊GSE喇辽、GLP相應(yīng)文件下載 文件格式為: txt txt.gz（GSE文件） 二、對(duì)txt.gz文件進(jìn)行解壓縮 使用Rstudio 正常...
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1.2.1 使用GEO2R分析數(shù)據(jù)GEO2R（GEO to R）是GEO數(shù)據(jù)庫(kù)自帶的數(shù)據(jù)分析工具雨席。GEO2R可以通過(guò)可視化的方式對(duì)基因表達(dá)譜進(jìn)行統(tǒng)計(jì)學(xué)分析，在操作上非常方便陡厘，但是抽米，某些數(shù)據(jù)集不提供GEO2R功...
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通過(guò)3個(gè)數(shù)據(jù)集取差異基因的交集復(fù)現(xiàn)一篇文中的韋恩圖
老大讓復(fù)現(xiàn)的是一張韋恩圖，來(lái)自3個(gè)數(shù)據(jù)集雏亚，分別找每個(gè)數(shù)據(jù)集的差異基因缨硝，然后取UP和DOWN的交集。原文鏈接：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/...
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基因表達(dá)分析（上）- 差異表達(dá)分析基因表達(dá) 什么是基因表達(dá)查辩，如下是來(lái)自于維基百科的解釋?zhuān)?研究方法 定量PCR 這部分我不太懂胖笛，所以就放幾段百度百科和維基百科的定義。 百度百科 定量PCR（即時(shí)聚合酶鏈鎖反應(yīng)...
