什么是火山圖？ 火山圖其實是一種很形象的叫法洛口，它可以通過關(guān)注對象的落點從而直觀地展示該對象的所屬區(qū)域矫付。其通常用于展示差異結(jié)果，比如RNA-seq差異基因展示第焰。讀懂了“火山”火...
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R繪制火山圖 EnhancedVolcano+ggplot -
snpEff使用說明（上）-了解及創(chuàng)建SnpEff注釋數(shù)據(jù)庫SnpEff是一款注釋變異位點（SNP+InDel+MNP）和預測變異對基因的影響（例如氨基酸變化）的工具买优。 用法： 輸入文件：輸入是變異位點（SNP樟遣，插入而叼，缺失和MNP）的...
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跟著Nature學作圖：R語言ggplot2散點柵格化能夠減小輸出pdf的文件大小論文 A saturated map of common genetic variants associated with human height https://www....
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如何在MAC M1芯片上安裝R的Bioconductor包蘋果的m1芯片已經(jīng)出到了第二代的m1pro/max版本了豹悬，不少同學也是用上了新的macbook葵陵，m1芯片的優(yōu)點我們已經(jīng)有目共睹。雖然新版本的R的新版本和cran上的標準包如g...
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數(shù)據(jù)提取及ggplot2畫圖
以CLL數(shù)據(jù)包為例： 1瞻佛、提取所需數(shù)據(jù) 2脱篙、安裝注釋包 3、探索探針與基因symbol的對應(yīng)關(guān)系 4伤柄、對數(shù)據(jù)進行篩選，去重： 5适刀、選擇對應(yīng)的數(shù)據(jù)作圖(基礎(chǔ)作圖)： 6秤朗、ggp...
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R語言基礎(chǔ)入門(3) select選擇列的方法從基礎(chǔ)到高級前面的2節(jié)介紹了數(shù)據(jù)的格式轉(zhuǎn)換寬表轉(zhuǎn)長表函數(shù)pivot_longer以及行過濾函數(shù)filter( )今天來繼續(xù)介紹列選擇函數(shù)select( )的使用 選擇列:基礎(chǔ) 要選擇幾列...
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Seurat官方教程1 | 整合受刺激與對照PBMC數(shù)據(jù)集整合受刺激與對照PBMC數(shù)據(jù)集笔喉，以了解細胞類型特異性反應(yīng) 教程背景 本教程介紹了康等人在2017年提出的兩組pbmc取视。本實驗將PBMCs分為受刺激組和對照組，受刺激組給予干擾...
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外泌體多組學03-scMappR包：制造signature matrix老規(guī)矩常挚，推薦大家看官網(wǎng)作谭，資料： 官網(wǎng)scMappR：https://cran.r-project.org/web/packages/scMappR/vignettes/scM...
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單細胞轉(zhuǎn)錄組學習筆記-13-差異分析及KEGG注釋簡介
劉小澤寫于19.8.7-第二單元最后一講：差異分析及KEGG注釋簡介筆記目的：根據(jù)生信技能樹的單細胞轉(zhuǎn)錄組課程探索smart-seq2技術(shù)相關(guān)的分析技術(shù)課程鏈接在：http:...
