什么是火山圖虫腋？ 火山圖其實是一種很形象的叫法椒楣，它可以通過關(guān)注對象的落點從而直觀地展示該對象的所屬區(qū)域。其通常用于展示差異結(jié)果，比如RNA-seq差異基因展示。讀懂了“火山”火...
IP屬地：西藏
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R繪制火山圖 EnhancedVolcano+ggplot -
snpEff使用說明（上）-了解及創(chuàng)建SnpEff注釋數(shù)據(jù)庫SnpEff是一款注釋變異位點（SNP+InDel+MNP）和預(yù)測變異對基因的影響（例如氨基酸變化）的工具。 用法： 輸入文件：輸入是變異位點（SNP，插入盔腔，缺失和MNP）的...
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跟著Nature學(xué)作圖：R語言ggplot2散點柵格化能夠減小輸出pdf的文件大小論文 A saturated map of common genetic variants associated with human height https://www....
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如何在MAC M1芯片上安裝R的Bioconductor包蘋果的m1芯片已經(jīng)出到了第二代的m1pro/max版本了，不少同學(xué)也是用上了新的macbook，m1芯片的優(yōu)點我們已經(jīng)有目共睹弛随。雖然新版本的R的新版本和cran上的標(biāo)準(zhǔn)包如g...
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數(shù)據(jù)提取及ggplot2畫圖
以CLL數(shù)據(jù)包為例： 1瓢喉、提取所需數(shù)據(jù) 2、安裝注釋包 3舀透、探索探針與基因symbol的對應(yīng)關(guān)系 4栓票、對數(shù)據(jù)進(jìn)行篩選，去重： 5愕够、選擇對應(yīng)的數(shù)據(jù)作圖(基礎(chǔ)作圖)： 6走贪、ggp...
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R語言基礎(chǔ)入門(3) select選擇列的方法從基礎(chǔ)到高級前面的2節(jié)介紹了數(shù)據(jù)的格式轉(zhuǎn)換寬表轉(zhuǎn)長表函數(shù)pivot_longer以及行過濾函數(shù)filter( )今天來繼續(xù)介紹列選擇函數(shù)select( )的使用 選擇列:基礎(chǔ) 要選擇幾列...
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Seurat官方教程1 | 整合受刺激與對照PBMC數(shù)據(jù)集整合受刺激與對照PBMC數(shù)據(jù)集，以了解細(xì)胞類型特異性反應(yīng) 教程背景 本教程介紹了康等人在2017年提出的兩組pbmc惑芭。本實驗將PBMCs分為受刺激組和對照組坠狡，受刺激組給予干擾...
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外泌體多組學(xué)03-scMappR包：制造signature matrix老規(guī)矩，推薦大家看官網(wǎng)遂跟，資料： 官網(wǎng)scMappR：https://cran.r-project.org/web/packages/scMappR/vignettes/scM...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)習(xí)筆記-13-差異分析及KEGG注釋簡介
劉小澤寫于19.8.7-第二單元最后一講：差異分析及KEGG注釋簡介筆記目的：根據(jù)生信技能樹的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組課程探索smart-seq2技術(shù)相關(guān)的分析技術(shù)課程鏈接在：http:...
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單細(xì)胞交響樂21-實戰(zhàn)四 批量處理并整合多個10X PBMC數(shù)據(jù)劉小澤寫于2020.7.19為何取名叫“交響樂”逃沿？因為單細(xì)胞分析就像一個大樂團(tuán)，需要各個流程的協(xié)同配合單細(xì)胞交響樂1-常用的數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)SingleCellExperiment單...
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單細(xì)胞交響樂31-實戰(zhàn)十四 10X HCA計劃的38萬骨髓細(xì)胞劉小澤寫于2020.7.22為何取名叫“交響樂”漩勤？因為單細(xì)胞分析就像一個大樂團(tuán)感挥，需要各個流程的協(xié)同配合單細(xì)胞交響樂1-常用的數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)SingleCellExperiment單...
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單細(xì)胞兩個數(shù)據(jù)集之間的比較：scmap1 Introduction 隨著越來越多的scRNA-seq數(shù)據(jù)集的產(chǎn)生缩搅，在它們之間進(jìn)行比較就顯得非常關(guān)鍵越败。一個核心的應(yīng)用是比較不同實驗室收集的類似生物來源的數(shù)據(jù)集，以確保...
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seurat-ScaleData()源碼解析一究飞、ScaleData()簡介 單細(xì)胞基因表達(dá)counts矩陣數(shù)據(jù)經(jīng)過NormalizeData()歸一化處理后，還需要進(jìn)行scale標(biāo)準(zhǔn)化堂鲤。ScaleData()[http...
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單細(xì)胞交響樂3-scRNA的細(xì)胞質(zhì)控劉小澤寫于19.12.3-4 亿傅，更新于2020-06-26為何取名叫“交響樂”？因為單細(xì)胞分析就像一個大樂團(tuán)瘟栖，需要各個流程的協(xié)同配合單細(xì)胞交響樂1-理解scRNA常用的數(shù)據(jù)結(jié)...
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完整的單細(xì)胞分析流程——理解你的單細(xì)胞分析之?dāng)?shù)據(jù)結(jié)構(gòu)背景介紹 Bioconductor項目的主要優(yōu)勢之一在于使用通用數(shù)據(jù)基礎(chǔ)結(jié)構(gòu)葵擎，該數(shù)據(jù)基礎(chǔ)結(jié)構(gòu)可實現(xiàn)跨越R包的相互操作性。 用戶應(yīng)該能夠使用來自不同Bioconductor軟件...
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小潔詳解《R數(shù)據(jù)科學(xué)》第16章 Purrr下
4 for循環(huán)與函數(shù)式編程 用for循環(huán)計算每列的均值 書中給出一個奇怪的例子來說明函數(shù)組合 將函數(shù)作為參數(shù)傳入另一個函數(shù) 5.映射函數(shù)-map 這是一個強(qiáng)大的函數(shù)族,直接返...
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使用scran分析單細(xì)胞數(shù)據(jù)官網(wǎng)教程：Scran1.20.1（最新）[https://bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/scran/ins...
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單細(xì)胞交響樂10-數(shù)據(jù)集整合后的批次矯正劉小澤寫于2020.7.7為何取名叫“交響樂”半哟？因為單細(xì)胞分析就像一個大樂團(tuán)酬滤，需要各個流程的協(xié)同配合單細(xì)胞交響樂1-常用的數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)SingleCellExperiment單細(xì)...
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8、Integrating Datasets原文鏈接Chapter 13 Integrating Datasets[https://osca.bioconductor.org/integrating-datasets....