4891f9c1ff0d

在R中進(jìn)行整理匾荆，pmap格式在下面帖子中有詳細(xì)介紹栖疑。第一列為SNP的ID，第二列為chr，第三列為SNP的位置，第四列開(kāi)始為每個(gè)性狀的SNP的P值睦尽。9.3 GWAS：關(guān)聯(lián)分析...

4891f9c1ff0d

最近跑通了一遍GWAS分析问慎，全程在linux操作，雖然具體還有好多需要微調(diào)的地方儒老，先把代碼整理分享出來(lái)mark一下 前期準(zhǔn)備 1.理論知識(shí) 強(qiáng)烈推薦百邁客云課堂課程GWAS生...

4891f9c1ff0d

之前給大家大致介紹了GWAS在臨床生信分析中的概況蝴乔，包括一些基本概念，原理和注意事項(xiàng)（出門(mén)左手邊—>臨床生物信息學(xué)中的GWAS分析）驮樊，這次具體講講GWAS基本分析內(nèi)容及結(jié)果解...

4891f9c1ff0d

不同于分類(lèi)和回歸薇正，聚類(lèi)不需要事先的任何參考分類(lèi)信息，可以簡(jiǎn)單地通過(guò)判斷數(shù)據(jù)特征的相似性來(lái)完成對(duì)數(shù)據(jù)的歸類(lèi)囚衔。 層次聚類(lèi)不需要事先指定族的個(gè)數(shù)挖腰，以系統(tǒng)樹(shù)的形式展現(xiàn)。 k均值聚類(lèi)扁...

4891f9c1ff0d

不知道大家有沒(méi)有印象，其實(shí)關(guān)于調(diào)整ggplot2圖形背景肥哎，圖例辽俗，XY軸范圍及標(biāo)簽等的問(wèn)題在我們往期公眾號(hào)有推文介紹過(guò)，但是以前給大家介紹的是利用ggThemeAssist 包...

4891f9c1ff0d

1篡诽、GWAS 流程 image.png數(shù)據(jù)質(zhì)控? 1）按分型百分比條件過(guò)濾崖飘，多數(shù)文章剔除缺失率在20%以上的位點(diǎn)，樣本量較大的群體中杈女，可以將缺失率小于50%的位點(diǎn)都保留朱浴；? ...

4891f9c1ff0d

EMMAX是關(guān)聯(lián)分析速度提升的一個(gè)代表性算法, 已廣泛應(yīng)用于棉花、大豆和水稻等的復(fù)雜性狀關(guān)聯(lián)分析达椰。EMMAX認(rèn)為翰蠢，每一個(gè)SNP對(duì)復(fù)雜性狀的解釋率都很低，每個(gè)組件的方差在運(yùn)算中...

4891f9c1ff0d

這里介紹的SNP數(shù)據(jù)與單一表型的相關(guān)分析流程 一似炎、準(zhǔn)備plink文件 ped和map文件轉(zhuǎn)換為bed辛萍、fam悯姊、bim mydata為ped和map的文件名，不需要加后綴mak...

4891f9c1ff0d

y一贩毕、認(rèn)識(shí)文件名 五大格式文件：ped&mapbed&fam&bim 各自存儲(chǔ)何種數(shù)據(jù) 五種格式 ①ped（pedigree悯许，家系）：包含樣本的譜系信息和基因型信息，必須與f...

4891f9c1ff0d

此視頻來(lái)自B站辉阶，是非常好和全的的一個(gè)GWAS操作的視頻先壕，從開(kāi)始準(zhǔn)備軟件下載，數(shù)據(jù)過(guò)濾谆甜，到最后的候選基因注釋垃僚。GWAS的實(shí)戰(zhàn)視頻https://www.bilibili.com...

4891f9c1ff0d

GAPIT (Genome Associated Prediction Integrated Tool),是一個(gè)R包，使用Gapit可以進(jìn)行全基因組關(guān)聯(lián)分析和基因組預(yù)測(cè)（選擇...

4891f9c1ff0d

接觸全基因組關(guān)聯(lián)分析（GWAS）已經(jīng)一年半有余规辱，從剛開(kāi)始對(duì)GWAS的全然無(wú)知到現(xiàn)在慢慢了解谆棺，越來(lái)越能體會(huì)到這項(xiàng)技術(shù)的了不起。同時(shí)罕袋，越來(lái)越多的科研工作者也在使用這項(xiàng)技術(shù)改淑，然后就...

4891f9c1ff0d

作為三劍客之一的awk的功能不用多介紹了，文本處理能力不輸Perl浴讯，尤其是在命令行快速使用朵夏。（當(dāng)然Perl的單行命令也是很強(qiáng)的） 需求 我有一個(gè)表格1（轉(zhuǎn)錄因子數(shù)據(jù)庫(kù)文件）t...

4891f9c1ff0d

MEGAN（Metagenome Analyzer）是宏基因組學(xué)進(jìn)行物種和功能研究的常用軟件兰珍，實(shí)際上現(xiàn)在的Diamond+MEGAN6已經(jīng)是一套比較完整的物種和功能注釋流程了...

4891f9c1ff0d

上個(gè)月中旬侍郭，出于對(duì)GWAS的好奇，我參加了一個(gè)培訓(xùn)班掠河，之后又花了一周的時(shí)間來(lái)整理聽(tīng)課筆記亮元，感覺(jué)現(xiàn)在對(duì)GWAS已經(jīng)有了一個(gè)比較全面的認(rèn)識(shí)。 在call SNP之后唠摹，做GWAS之...